Các đại biểu đã tập trung thảo luận về một số nội dung còn ý kiến khác nhau của dự thảo Luật Xử lý vi phạm hành chính như: thẩm quyền áp dụng các biện pháp xử lý hành chính; mức phạt tiền cao hơn mức phạt chung nhưng không quá 2 lần áp dụng đối với cùng một hành vi vi phạm trong lĩnh vực giao thông, môi trường và quản lý đô thị tại khu vực nội thành của các thành phố trực thuộc Trung ương và thẩm quyền quy định mức phạt tiền... Nhiều đại biểu cho rằng nên giao tòa án xem xét, quyết định áp dụng các biện pháp hành chính. Việc chuyển cho tòa án xem xét, quyết định áp dụng biện pháp xử lý hành chính theo trình tự, thủ tục tố tụng tư pháp là xu hướng tiến bộ. Vì xét về bản chất, các biện pháp này là những biện pháp cưỡääng chế nhà nước, hạn chế quyền tự do của công dân, cần được xem xét quyết định theo một trình tự, thủ tục tư pháp theo đúng tinh thần các cơ quan tư pháp phải thật sự là chỗ dựa của nhân dân trong việc bảo vệ công lý, quyền con người.
Về thẩm quyền xử phạt được quy định từ Điều 39 đến Điều 56 của dự thảo Luật, một số ý kiến cho rằng, phần lớn người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính là những người giữ chức vụ lãnh đạo, quản lý trong cơ quan nhà nước như Chủ tịch UBND các cấp, Chi cục trưởng hải quan, Chánh thanh tra chuyên ngành cấp sở, Cục trưởng cục quản lý thị trường, Thủ trưởng cơ quan thuộc bộ, cơ quan ngang bộ... Việc liệt kê cứng những người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính như dự thảo Luật sẽ làm giảm tính ổn định của chế định pháp luật về thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính. Thực tiễn xây dựng và hoàn thiện chế định này trong những năm qua cho thấy, chế định đã nhiều lần được bổ sung để phù hợp với những thay đổi về tổ chức, hoạt động. Mặc dù, dự án Luật đã quy định thêm một số người có thẩm quyền xử lý vi phạm hành chính so với quy định của Pháp lệnh nhưng vẫn không liệt kê đủ người cần có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính. Ngoài ra, việc liệt kê quá nhiều người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính cũng đã làm cho nhiều quy định của dự thảo Luật trùng lặp và mâu thuẫn với nhau. Có ý kiến đề nghị, dự thảo Luật không nên chỉ liệt kê những người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính mà cần có thêm quy định về những người khác có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính theo quy định của Chính phủ và quy định mức xử phạt tối đa của những người này để bảo đảm tính ổn định của luật.