Tại Hội thảo, các đại biểu đã tập trung thảo luận về phân định thẩm quyền trong tố tụng hình sự; xác định rõ chức năng, nhiệm vụ, thẩm quyền của các cơ quan tiến hành tố tụng; nhiệm vụ, quyền hạn và thẩm quyền của các cơ quan được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động điều tra; xác định rõ căn cứ, thẩm quyền áp dụng biện pháp tạm giam theo hướng hạn chế tạm giam, mở rộng và phát huy tính khả thi của các biện pháp ngăn chặn khác thay thế tạm giam; cơ chế bảo đảm quyền bào chữa của người bị bắt, bị tạm giữ, bị can, bị cáo; xác định rõ các quyền và trách nhiệm của người bào chữa trong tố tụng hình sự...
Liên quan đến phân định thẩm quyền trong tố tụng hình sự, đa số đại biểu cho rằng, phân định rõ thẩm quyền quản lý hành chính với trách nhiệm, quyền hạn tư pháp trong hoạt động tố tụng tư pháp theo hướng tăng quyền và trách nhiệm cho điều tra viên, kiểm sát viên và thẩm phán để họ chủ động trong thực thi nhiệm vụ, nâng cao tính độc lập và chịu trách nhiệm trước pháp luật về các hành vi và quyết định tố tụng của mình là một trong những yêu cầu quan trọng của cải cách tư pháp. Theo đó, ngay tại Bộ luật Tố tụng Hình sự năm 2003 cũng đã quy định cụ thể nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của thủ trưởng, phó thủ trưởng cơ quan điều tra, của điều tra viên, của viện trưởng, phó viện trưởng viện kiểm sát, của kiểm sát viên, chánh án, phó chánh án tòa án và của thẩm phán, hội thẩm, thư ký tòa án. Đồng thời với các điều luật đó, nhiệm vụ, quyền hạn trách nhiệm của những người tiến hành tố tụng này còn được quy định cụ thể ở các điều luật thuộc những giai đoạn cụ thể trong quá trình giải quyết vụ án hình sự. Tuy nhiên, những quy định về nhiệm vụ, quyền hạn, trách nhiệm của điều tra viên, kiểm sát viên, thẩm phán còn hạn chế. Sự phân định nhiệm vụ, quyền hạn của thủ trưởng cơ quan điều tra với điều tra viên, của viện trưởng viện kiểm sát với kiểm sát viên, của chánh án với thẩm phán trong hoạt động tố tụng đối với giải quyết vụ án hình sự cụ thể còn thiếu hợp lý, gây hạn chế hiệu quả, chất lượng, tính kịp thời của các hoạt động tố tụng, không nâng cao được trách nhiệm của người tiến hành tố tụng đối với việc giải quyết vụ án hình sự. Bên cạnh đó, Bộ luật Tố tụng Hình sự cũng chưa phân định rõ ràng, cụ thể trong quy định, nhiệm vụ, quyền hạn của thủ trưởng cơ quan điều tra, viện trưởng viện kiểm sát, chánh án từ góc độ hành chính pháp lý và từ góc độ tố tụng hình sự.
Để khắc phục những hạn chế trên, các đại biểu kiến nghị, cần hình thành hệ thống các cơ quan tiến hành tố tụng có chức năng, nhiệm vụ được xác định rõ ràng, có tính độc lập theo tính chất của chức năng tố tụng; phân biệt rõ hơn nhiệm vụ, quyền hạn của thủ trưởng cơ quan điều tra, viện trưởng viện kiểm sát, chánh án trong việc tổ chức, chỉ đạo hoạt động tố tụng và trong tiến hành tố tụng đối với vụ án cụ thể. Tăng quyền hạn, trách nhiệm cho điều tra viên, kiểm sát viên, thẩm phán trong hoạt động tố tụng. Quy định rõ hậu quả tố tụng và trách nhiệm đối với việc vi phạm các quy định về quyền hạn, trách nhiệm của người tiến hành tố tụng.