Trung tâm tổ chức 3 khối lớp gồm bổ túc THPT, liên kết đào tạo và các lớp bồi dưỡng. Năm học 2007 - 2008, tỷ lệ học sinh lên lớp đạt 92%, học sinh giỏi đạt 12%, 100% học sinh tốt nghiệp. Mặc dù chất lượng đầu vào thấp nhưng Trung tâm đã chú trọng đào tạo, bồi dưỡng học sinh giỏi nên đã có 30 giải học sinh giỏi cấp quận, thành phố và quốc gia. Tuy nhiên, hoạt động của Trung tâm gặp nhiều khó khăn về cơ sở vật chất, đội ngũ giáo viên và tuyển sinh; Nhất là trong điều kiện hệ thống các trường học công lập, ngoài công lập, trường quốc tế ngày càng mở rộng. Vì vậy, Trung tâm cần chú trọng khảo sát, xác định nội dung học tập để đề xuất, tham mưu với Sở GD-ĐT và thành phố tổ chức tốt hơn chương trình và hình thức đào tạo phù hợp cho nhiều đối tượng.