Việc quản lý quy hoạch, xây dựng và vận hành hệ thống thủy điện trong thời gian qua tồn tại nhiều bất cập về: công tác quy hoạch không được thẩm định tốt (đặc biệt là thủy điện nhỏ); việc thiết kế, giám sát thi công xây dựng chưa chặt chẽ dẫn đến đến chất lượng công trình không đảm bảo; Quy trình vận hành không hợp lý, chưa cân đối hài hòa lợi ích giữa chủ đầu tư và lợi ích của người dân,... đã dẫn đến nhiều hệ quả nghiêm trọng, ảnh hưởng đến nguồn tài nguyên rừng, đất sản xuất và an toàn tính mạng đối với người dân khu vực hạ nguồn đập chứa,... Đề nghị Chính phủ khẩn trương chỉ đạo rà soát, tìm giải pháp hữu hiệu để khắc phục các hạn chế nêu trên.
Theo quy định tại Nghị định 112/2008/NĐ-CP ngày 20 tháng 10 năm 2008 của Chính phủ về quản lý, bảo vệ, khai thác tổng hợp tài nguyên và môi trường các hồ chứa thủy điện, thủy lợi thì hàng năm Chủ đập có trách nhiệm lập kế hoạch điều tiết nước hồ chứa và tổ chức thông báo kế hoạch điều tiết nước cho Ủy ban nhân dân các cấp nơi có hồ chứa và vùng hạ du hồ chứa nhằm giảm thiểu tác động xấu đến sản xuất, đời sống nhân dân và môi trường. Nội dung này cũng đã quy định trong Quy trình vận hành hồ chứa thủy điện đã được phê duyệt. Để sử dụng nước có hiệu quả cần có sự phối hợp giữa đơn vị vận hành và địa phương đảm bảo nhiệm vụ phát điện và nhu cầu nước ở hạ du và tuân thủ các quy trình vận hành hồ chứa, các văn bản pháp luật có liên quan. Ngoài ra, Bộ Tài Nguyên và Môi trường đang tập trung hoàn chỉnh để trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt Quy trình vận hành liên hồ chứa về cả mùa lũ và mùa cạn.
Tại kỳ họp thứ 6, Quốc hội khóa XIII, Chính phủ đã có Báo cáo tổng thể trước Quốc hội về Kết quả rà soát quy hoạch, đầu tư xây dựng các dự án thủy điện và vận hành khai thác các công trình thủy điện. Tại Nghị quyết số 62/2013/QH13 ngày 27 tháng 11 năm 2013, Quốc hội đã ghi nhận: Các công trình thủy điện đã góp phần quan trọng bảo đảm an ninh năng lượng, đáp ứng yêu cầu phát triển kinh tế - xã hội. Các hồ thủy điện lớn đa mục tiêu đã góp phần cắt, giảm lũ, điều tiết lưu lượng, cấp nước phục vụ sinh hoạt, sản xuất và bảo vệ môi trường. Quá trình đầu tư xây dựng, vận hành khai thác các công trình thủy điện đã tạo nhiều việc làm cho người lao động, thúc đẩy phát triển kinh tế - xã hội. Việc xây dựng các khu, điểm tái định cư, cơ sở hạ tầng thiết yếu trong khu vực công trình thủy điện bước đầu tạo ổn định đời sống nhân dân. Đồng thời, Nghị quyết số 62/2013/QH13 cũng đã nêu ra các hạn chế của việc xây dựng, vận hành các công trình thủy điện trong thời gian vừa qua.
Thực hiện Nghị quyết số 62/2013/QH13 ngày 27 tháng 11 năm 2013, Chính phủ đang hoàn thiện để ban hành Nghị quyết về tăng cường công tác quản lý quy hoạch, đầu tư xây dựng, vận hành và khai thác công trình thủy điện và Kế hoạch hành động kèm theo. Trong đó, tiếp tục khai thác các lợi thế về tiềm năng thủy điện; quản lý chặt chẽ việc quy hoạch, đầu tư xây dựng và vận hành các công trình thủy điện; kiên quyết loại bỏ các dự án thủy điện không đáp ứng được các yêu cầu về kinh tế - kỹ thuật và bảo vệ môi trường - xã hội, chỉ đạo cụ thể cho các bộ, ngành chức năng tăng cường công tác quản lý quy hoạch, đầu tư xây dựng, vận hành và khai thác công trình thuỷ điện, bao gồm: Tăng cường năng lực quản lý lưu vực sông, điều phối, giám sát việc tuân thủ quy trình vận hành liên hồ chứa, đặc biệt là các hồ chứa bậc thang, bảo đảm không để xảy ra tình trạng vận hành hồ chứa gây lũ kép; giải quyết các vấn đề liên ngành, liên địa phương trong khai thác, sử dụng tài nguyên nước. Nâng cao chất lượng đánh giá môi trường chiến lược, đánh giá tác động môi trường đối với quy hoạch, dự án, công trình thủy điện và kiểm tra, giám sát chặt chẽ việc thực hiện. Sớm ban hành hướng dẫn cụ thể quy định dòng chảy tối thiểu sau các đập thủy điện....