Để tăng cường quản lý hành nghề dược tư nhân, Bộ Y tế đã triển khai quyết liệu công tác thanh tra, kiểm tra các cơ sở kinh doanh dược trên địa bàn toàn quốc.

Năm 2011, Bộ Y tế đã tạm dừng cấp số đăng ký hoặc giấp phép nhập khẩu của 29 cơ sở sản xuất, cơ sở đứng tên đăng ký thuốc và cơ sở nhập khẩu thuốc do vi phạm kê khai giá. Thanh tra y tế địa phương đã tiến hành thanh tra, kiểm tra tổng số 7.939 cơ sở kinh doanh thuốc, xử phạt 703 cơ sở có hành vi vi phạm hành chính với tổng mức tiền xử phạt là 1.264.350.000 đồng và các đoàn thanh tra do Thanh tra Bộ Y tế tổ chức đã xử phạt các cơ sở kinh doanh vi phạm với tổng số tiền 602.150.000 đồng.

Năm 2013, thực hiện Quyết định số 4332/QĐ-BYT ngày 30/10/2013 của Bộ trưởng Bộ Y tế về việc thành lập Đoàn kiểm tra công tác quản lý Nhà nước về hành nghề y, y dược cổ truyền tư nhân, kinh doanh dược và an toàn thực phẩm, Bộ Y tế đã thành lập 05 đoàn kiểm tra do các đồng chí Thứ trưởng làm Trưởng đoàn đã tiến hành thanh tra, kiểm tra hoạt động hành nghề dược của 10 tỉnh, thành phố trọng điểm.

Đối với riêng hoạt động thanh tra về lĩnh vực dược, trong năm 2013, Bộ Y tế đã thành lập 03 đoàn kiểm tra hoạt động sản xuất kinh doanh của16 công ty bán buôn thuốc và 47 nhà thuốc. Qua kiểm tra cho thấy, hầu hết các cơ sở sản xuất, kinh doanh thuốc tuân thủ các quy định hiện hành về dược. Tuy nhiên kết quả kiểm tra cũng phát hiện một số trường hợp vi phạm và Bộ Y tế tiến hành xử lý nghiêm theo quy định, cụ thể: rút số đăng ký 02 thuốc và xử phạt vi phạm hành chính với tổng số tiền phạt là 235.000.000  VND.