1. Về vấn đề điều chỉnh tiêu chí: Sau một thời gian triển khai thí điểm Bộ tiêu chí quốc gia về nông thôn mới tại các xã điểm (do Ban Bí thư Trung ương chỉ đạo) và sau gần ba năm triển khai Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới, căn cứ vào thực tiễn và đề xuất của nhiều địa phương trong cả nước, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã trình Thủ tướng Chính Phủ sửa đổi một số tiêu chí nông thôn thôn mới và ngày 20/2/2013, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 342/QĐ-TTg sửa đổi 5 tiêu chí trong Bộ tiêu chí quốc gia về nông thôn mới. Đồng thời, ngày 4/10/2013, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành Thông tư số 41/2013/TT-BNNPTNT về hướng dẫn thực hiện Bộ tiêu chí quốc gia về nông thôn mới thay thế cho Thông tư số 54/2013/TT-BNNPTNT về hướng dẫn sửa đổi Bộ tiêu chí quốc gia về nông thôn mới ban hành ngày 21/8/2009. Trong Thông tư số 41/2013/TT-BNNPTNT đã nêu rõ trong quá trình tổ chức thực hiện nếu có vấn đề phát sinh hoặc khó khăn vướng mắc các địa phương phản ánh về Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để kịp thời bổ sung, sửa đổi. Các trường hợp đặc thù nhất là các vùng miền núi, vùng sâu, vùng xa, vùng đồng bào dân tộc thiểu số gặp nhiều khó khăn thì Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có văn bản báo cáo về Ban Chỉ đạo Trung ương Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới xem xét, quyết định.
2. Về huy động nguồn lực cho Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới các địa phương: Tại Kỳ họp thứ 6, ngày 28/11/2013, Quốc hội khóa XIII đã thông qua Nghị quyết số 65/2013/QH13 về việc phát hành bổ sung và phân bổ vốn trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2014-2016, trong đó bổ sung cho Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới là 15.000 tỷ đồng, riêng kế hoạch năm 2014 phân bổ vốn trái phiếu Chính phủ cho các xã bình quân là 4.765 tỷ đồng tăng 4,7 lần số vốn bình quân năm giai đoạn 2011-2013 cho các xã tập trung đầu tư cơ sở hạ tầng cho các xã theo đúng mục tiêu của chương trình đã được cấp có thẩm quyền phê duyệt.
Thực hiện Nghị quyết của Quốc hội, ngày 25/1/2014, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 195/QĐ-TTg về việc giao vốn trái phiếu Chính phủ năm 2014 cho các địa phương để thực hiện Chương trình MTQG về xây dựng nông thôn mới. Nguyên tắc phân bổ vốn là xã nào cũng được hưởng thụ vốn nhưng ưu tiên cho các xã thuộc diện đặc biệt khó khăn, xã nghèo của các địa phương và xã đăng ký và có khả năng phấn đấu đạt chuẩn nông thôn mới giai đoạn 2014-2016. Các địa phương cần căn cứ vào công văn 582/BNN-KTHT, ngày 20/2/2014 về hướng dẫn phân bổ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ thực hiện Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới năm 2014 để thực hiện nhằm đảm bảo đúng đối tượng và đáp ứng yêu cầu đặt ra.