Tất cả thuốc BVTV trong Danh mục thuốc BVTV được phép sử dụng, hạn chế sử dụng ở Việt Nam đều phải được đăng ký. Công tác đăng ký thuốc BVTV ngày càng được hoàn thiện và hài hòa với các quy định quốc tế, theo nguyên tắc loại bỏ dần những thuốc BVTV có độc tính cao, ảnh hưởng đến môi trường nhưng đồng thời khuyến khích những loại thuốc BVTV hiệu quả, an toàn trong sử dụng. Do đó, Danh mục thuốc BVTV được phép sử dụng, hạn chế sử dụng, cấm sử dụng do Bộ Nông nghiệp & PTNT ban hành hàng năm đã đáp ứng được yêu cầu thực tế sản xuất nông nghiệp ở nước ta. Việc quản lý sử dụng thuốc BVTV căn cứ vào danh mục trên.

Việc quản lý sử dụng thuốc BVTV được quy định khá chặt chẽ và đầy đủ tại Chương VII (Sử dụng thuốc BVTV) của Thông tư 03/2011/TT-BNNPTNT, với các nội dung như chỉ rõ phạm vi thuốc được phép sử dụng (chỉ thuốc trong danh mục thuốc BVTV được phép sử dụng, hạn chế sử dụng), phương thức sử dụng (theo đúng hướng dẫn trên nhãn; đảm bảo nguyên tắc bốn đúng (đúng thuốc, đúng lúc, đúng liều lượng và nồng độ, đúng cách) và phải tuân thủ thời gian cách ly ghi trên nhãn); cấm sử dụng thuốc ngoài danh mục trên, thuốc không rõ nguồn gốc xuất xứ, không có nhãn hoặc nhãn chỉ ghi tiếng nước ngoài. Thực hiện tốt quy định trên sẽ hạn chế tối đa nguy cơ gây ảnh hưởng xấu cho sức khỏe, sinh hoạt, đời sống của con người, cho môi trường, đất đai, …. Chương này cũng quy định trách nhiệm của người sử dụng thuốc BVTV và trách nhiệm của các cơ quan quản lý và đơn vị kinh doanh thuốc BVTV liên quan đến việc sử dụng thuốc BVTV.

Những năm qua, các cơ quan trong mạng lưới BVTV đã phối hợp với chính quyền địa phương thực hiện việc hướng dẫn sử dụng thuốc. Tuy nhiên, cho đến nay, vấn đề sử dụng thuốc tràn lan, ít kiểm soát  vẫn còn tồn tại ở một số địa phương.

Để thuốc BVTV được sử dụng một cách an toàn, hạn chế đến mức thấp nhất tác hại của thuốc BVTV tới con người và môi trường, cần thực hiện tốt các hoạt động nhằm nâng cao nhận thức của người sử dụng thuốc BVTV như:

Tăng cường phổ biến quy định pháp luật, nâng cao ý thức trách nhiệm của người sử dụng thuốc với cộng đồng.

Phổ biến, hướng dẫn ứng dụng các biện pháp quản lý dịch hại  bền vững như kỹ thuật canh tác lúa cải tiến (SRI), 3 giảm 3 tăng, 1 phải 5 giảm, quản lý tổng hợp (IPM), …;

Hướng dẫn chỉ sử dụng thuốc BVTV khi thật sự cần thiết và phải đảm bảotuân thủ theo Thông tư 03/2011/TT-BNNPTNT như sử dụng đảm bảo nguyên tắc bốn đúng (đúng thuốc, đúng lúc, đúng liều lượng và nồng độ, đúng cách) và phải tuân thủ thời gian cách ly ghi trên nhãn; không sử dụng thuốc ngoài danh mục, thuốc cấm, thuốc không rõ nguồn gốc xuất xứ, không có nhãn….