1.Về thu phí bảo trì đường bộ qua xăng, dầu:
Tại khoản 9- Điều 3 tại Nghị định số 84/2009/NĐ-CP ngày 15/10/2009 của Chính phủ về kinh doanh xăng, dầu, quy định giá cơ sở là giá để hình thành giá bán lẻ xăng dầu bao gồm các yếu tố và được xác định bằng:
{Giá CIF cộng (+) Thuế nhập khẩu cộng (+) Thuế tiêu thụ đặc biệt} nhân (x) Tỷ giá ngoại tệ cộng (+) Chi phí kinh doanh định mức cộng (+) Quỹ Bình ổn giá cộng (+) Lợi nhuận định mức trước thuế cộng (+) Thuế giá trị gia tăng cộng (+) Phí xăng dầu cộng (+) Các loại thuế, phí và các khoản trích nộp khác theo quy định pháp luật hiện hành.
Như vậy hiện nay giá bán xăng, dầu trong nước không bao gồm nguồn phí để thực hiện việc quản lý, bảo trì hệ thống đường quốc lộ và hệ thống đường địa phương. Đến thời điểm hiện nay nguồn kinh phí để sử dụng cho việc quản lý, bảo trì hệ thống đường quốc lộ và đường địa phương là từ Quỹ bảo trì đường bộ Trung ương và các Quỹ bảo trì đường bộ địa phương.
2. Về lựa chọn phương thức thu phí sử dụng đường bộ:
- Việc thu phí sử dụng đường bộ để tạo nguồn hình thành Quỹ bảo trì đường bộ theo quy định của Luật giao thông đường bộ năm 2008 và Pháp lệnh phí, lệ phí đã được Chính phủ giao Bộ GTVT chủ trì cùng các bộ ngành nghiên cứu xây dựng Đề án và dự thảo Nghị định để trình Chính phủ xem xét ban hành (Đến nay Nghị định đã được ban hành và có hiệu lực từ 1/1/2013). Trong quá trình nghiên cứu xây dựng Nghị định, trên cơ sở nghiên cứu một cách khoa học, nghiêm túc cho thấy ở nước ta và nhiều quốc gia khác thì có một số phương thức thu phí phổ biến như: Thu qua trạm thu phí; Thu qua xăng dầu; Thu trên đầu phương tiện. Trên thực tế mỗi phương thức thu đều có những ưu điểm, và nhược điểm riêng:
- Phương thức thu qua trạm thu phí có ưu điểm là thu đúng đối tượng nhưng có nhiều nhược điểm như: Chỉ có phương tiện khi đi qua trạm thu phí sử dụng đường bộ mới phải nộp phí. Như vậy nếu quy đổi chiều dài đường bộ được thu phí của 1 trạm tương đương với 70 km đường bộ (tương ứng với khoảng cách giữa hai trạm thu phí theo quy định hiện hành) thì với các trạm thu phí trên hệ thống quốc lộ như trước đây mới đảm nhận việc thu phí tương ứng với chiều dài 4.130 km quốc lộ chiếm tỷ trọng 23,97% so với tổng số chiều dài của hệ thống quốc lộ. Nếu so với tổng chiều dài của toàn bộ hệ thống đường bộ thì chiều dài đường bộ được thu phí chỉ chiếm tỷ trọng 1,61%. Như vậy không đảm bảo mọi phương tiện tham gia giao thông đều có nghĩa vụ nộp phí sử dụng đường bộ gây mất bình đẳng và số thu quá thấp tăng gánh nặng cho ngân sách. Đồng thời cách thu này có chi phí tổ chức thu cao, không thuận tiện cho phương tiên khi lưu thông.
- Phương thức thu qua xăng dầu: phương thức này mặc dù không bỏ sót các đối tượng phải chịu phí sử dụng đường bộ, phương thức thu đơn giản, chi phí tổ chức thu hợp lý. Tuy nhiên với phương thức thu như này sẽ thu luôn cả đối với các phương tiện, máy móc thiết bị không tham gia lưu thông trên hệ thống đường bộ như: máy nông nghiệp, máy công nghiệp, phương tiện vận tải đường thủy, đường sắt, hàng hải, hàng không...( theo như nghiên cứu thì các đối tượng này sử dụng khoảng 5% luợng xăng và tới 60% lượng dầu). Đồng thời vấn đề cơ bản là không có giải pháp tường minh nào cho việc hoàn trả phí cho các đối tượng không sử dụng đường bộ nêu trên.
- Phương thức thu trên đầu phương tiện, với hình thức này có ưu điểm là cơ bản thu đúng đối tượng chịu phí; hạn chế bỏ xót đối tượng thu đảm bảo công bằng giữa các đối tượng chịu phí; ít ảnh hưởng tiêu cực tới các ngành, lĩnh vực khác... Tuy nhiên vẫn có tồn tại như: chi phí tổ chức thu cao hơn so với thu qua xăng dầu; phải dừng thu các trạm thu nộp ngân sách hiện đang tồn tại dẫn đến phải xử lý lao động, tài sản trạm thu phí.
Từ những phân tích ở trên, Bộ GTVT thấy rằng phương thức thu phí sử dụng đường bộ trên đầu phương tiện mặc dù còn một số hạn chế nhưng là phương thức ưu việt nhất, hạn chế được tối đa các nhược điểm của các phương thức khác. Trên cơ sở đó Bộ GTVT đã triển khai các bước theo đúng quy trình được pháp luật quy định để trình chính phủ dự thảo Nghị định. Sau đó Chính phủ đã ban hành Nghị định số 18/2012/NĐ-CP ngày 13/3/2012 của Chính phủ về Quỹ bảo trì đường bộ, trong đó quy định phương thức thu phí là thu trên đầu phương tiện.
Trong quá trình triển khai đến nay việc thu phí không gây khó khăn, bức xúc cho các đối tượng nộp phí. Tuy nhiên có một số tồn tại Bộ GTVT đã phối hợp với Bộ Tài chính hướng dẫn giải quyết thỏa đáng; một số vấn đề khác như thu phí đối với xe chạy trong cảng, trong nhà máy, xe dùng trong công tác sát hạch, đào tạo sẽ được Bộ Tài chính, Bộ GTVT nghiên cứu xử lý hoặc báo cáo Chính phủ xử lý phù hợp tạo điều kiên thuận lợi cho chủ phương tiện thực hiện nộp phí bảo trì đường bộ đúng quy định. Tính đến thời điểm hiện công tác thu phí sử dụng đường bộ đối với ô tô đã đảm bảo thu đúng, thu đủ, chính xác số phí phải thu không xảy ra thất thoát. Trong quá trình thực hiện, Bộ GTVT sẽ phối hợp với Bộ Tài chính rà soát, tổng hợp các vấn đề pháp sinh để nghiên cứu xử lý theo thẩm quyền hoặc báo cáo Chính phủ xem xét, quyết định.