Thực hiện Nghị định số 18/2012/NĐ-CP ngày 13/3/2012 của Chính phủ về Quỹ bảo trì đường bộ, Bộ GTVT đã trình Thủ tướng Chính phủ phương án xử lý, sắp xếp lại các trạm thu phí khi Quỹ bảo trì đường bộ đi vào hoạt động. Tại văn bản số 2250/TTg-KTN ngày 28/12/2012 và văn bản số 206/TTg-KTN ngày 01/02/2013, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý cho xóa bỏ các trạm thu phí nộp ngân sách nhà nước, trạm thu trả nợ vay. Đến nay, Bộ GTVT đã xử lý dừng thu và xóa bỏ toàn bộ đối với 20 trạm thu phí thuộc đối tượng phải xóa.
Đến thời điểm hiện nay trên hệ thống quốc lộ còn lại một số trạm sau:
- Các trạm thu phí hoàn vốn các dự án BOT: Theo quy định tại Điều 49, Luật Giao thông đường bộ năm 2008 thì: Nguồn tài chính để quản lý, bảo trì hệ thống quốc lộ và đường địa phương được bảo đảm từ quỹ bảo trì đường bộ. Nguồn tài chính để quản lý, bảo trì đường chuyên dùng, đường không do Nhà nước quản lý khai thác, đường được đầu tư xây dựng không bằng nguồn vốn từ ngân sách Nhà nước do tổ chức, cá nhân quản lý khai thác chịu trách nhiệm.
Như vậy việc thu phí sử dụng đường bộ trên đầu phương tiện và duy trì trạm thu phí BOT là hoàn toàn phù hợp với quy định tại khoản 1 Điều 49 Luật Giao thông đường bộ, vì phí sử dụng đường bộ thu trên đầu phương tiện dùng để chi cho công tác quản lý, bảo trì đường bộ do ngân sách nhà nước đầu tư, còn phí sử dụng đường bộ thu trực tiếp tại các trạm BOT dùng để chi cho công tác quản lý, bảo trì và hoàn vốn đầu tư đường bộ do các nhà đầu tư BOT đã đầu tư, vì vậy việc tiếp tục thu phí đối với các trạm thu phí hoàn vốn BOT khi Quỹ bảo trì đường bộ đi vào hoạt động là không có tình trạng phí chồng phí.
- Riêng đối với 04 trạm thu phí đã bán quyền thu phí (gồm; trạm Phù Đổng, trạm Hoàng Mai, trạm Bàn Thạch- QL1 và trạm Bãi Cháy- QL18): Thủ tướng Chính phủ đã chỉ đạo Bộ GTVT chủ trì, phối hợp Bộ Tài chính đàm phán thống nhất với nhà đầu tư tại các trạm thu phí đã chuyển giao quyền thu phí trên (nguồn thu từ chuyển giao quyền thu phí tại trạm này đã được đưa vào để phục vụ công tác quản lý, duy tu các tuyến đường quốc lộ do nhà nước đầu tư), để thống nhất phương án tài chính, nguồn vốn mua lại và thời điểm dừng thu, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định. Thời gian qua, Bộ GTVT đã chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính tiến hành đàm phán với các nhà đầu tư để mua lại; tuy nhiên do chưa có tiền lệ và quy định cụ thể về việc mua lại quyền thu phí, nên việc đàm phán với các nhà đầu tư cũng cần có thời gian nhất định để đảm bảo sự công bằng và thống nhất với các nhà đầu tư. Đến thời điểm hiện nay, Bộ GTVT đã có phương án xử lý đối với các trạm thu phí nói trên, báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định, sau khi có chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ GTVT sẽ triển khai thực hiện theo quy định.