Chính phủ qui định lãi suất cho vay HSSV hiện nay là 0,65% tháng, đồng thời thực hiện chính sách giảm lãi vay nếu người vay trả nợ trước hạn. Do đặc thù của chương trình có thời gian cho vay dài, trong thời gian HSSV theo học tại các nhà trường và cơ sở đào tạo, người vay chưa phải trả nợ và trả lãi tiền vay. Người vay phải trả nợ gốc và lãi tiền vay lần đầu tiên ngay sau khi HSSV có việc làm, có thu nhập nhưng không quá 12 tháng kể từ ngày HSSV kết thúc khoá học. Nếu lãi suất trên thị trường tiếp tục giảm, NHCSXH sẽ phối hợp với các Bộ, ngành nghiên cứu báo cáo Chính phủ xem xét quyết định.