Trước đây, do cầu Chợ Gạo cũ có khoang thông thuyền nhỏ (B=26m) nên tuyến luồng Chợ Gạo thường xuyên xảy ra tình trạng ựn tắc tàu thuyền tại vị trí cầu. Do vậy, Bộ GTVT đã phê duyệt dự án Nâng cấp tuyến kênh Chợ Gạo tại Quyết định số 3178/QĐ-BGTVT ngày 30/10/2009  và giao Cục ĐTNĐ Việt Nam làm chủ đầu tư. Tuy nhiên, do khó khăn về nguồn vốn nên dự án chưa được triển khai.

Hiện nay, cầu Chợ Gạo mới có bề rộng khoang thông thuyền B=80m đã đưa vào sử dụng, cầu Chợ Gạo cũ được thanh thải. Mặt khác, do khủng hoảng kinh tế thế giới ảnh hướng đến nước ta nên lượng hàng qua kênh Chợ Gạo đã giảm đáng kể và xu hướng sử dụng đội tàu lớn vận tải qua kênh cũng không tăng trưởng như dự báo ban đầu. Để phù hợp với điều kiện hiện nay, Bộ GTVT đã phê duyệt điều chỉnh dự án tại Quyết định số 1738/QĐ-BGTVT ngày 21/6/2013 với quy mụ bề rộng đáy chạy tàu B=55m, chiều sâu chạy tàu 3,1m, cú TMĐT 2.263 tỷ đồng. Dự án được phân kỳ giai đoạn 1 (đến 2015) là 786 tỷ đồng bằng vốn trỏi phiếu Chớnh phủ để nạo vét đoạn Rạch Lá và rạch Kỳ Hôn đạt chuẩn tắc luồng thiết kế; xử lý sạt lở bờ xung yếu đoạn Chợ Gạo, xây dựng đường dân sinh; kố bờ một số đoạn tại bờ Bắc Chợ Gạo, Rạch Kỳ Hụn và Rạch Lỏ; xõy dựng một số bói đổ đất nạo vét đoạn Rạch Kỳ Hôn, Rạch Lá; đền bù GPMB khu vực đầu tư giai đoạn 1. Giai đoạn 2 đầu tư toàn bộ phần cũn lại của dự ỏn.    

Bộ GTVT đang chỉ đạo Cục ĐTNĐ Việt Nam khẩn trương triển khai các bước tiếp theo của dự asn theo quy định.