Thực hiện sự chỉ đạo của Thủ tướng Chính Phủ, Bộ Y tế tiến hành xây dựng Danh mục bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hóa học/dioxin. Bộ Y tế nhận thấy: Việc xây dựng và ban hành Danh mục bệnh, tật, dị dạng, dị tật này là vần đề khoa học, nhân đạo, có liên quan đến trong nước và quốc tế, nhằm đảm bảo quyền lợi của những người bị phơi nhiễm chất độc hóa học/dioxin, nên quá trình biên soạn danh mục được thực hiện công phu và cẩn thận. Ngày 25/01/2008, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ký, ban hành Quyết định số 301/QĐ-BYT thành lập Hội đồng khoa học để thẩm định Danh mục bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hóa học/ dioxin để làm cơ sở xác nhận nạn nhân chất độc hóa học/dioxin.
Trong quá trình xây dựng danh mục bệnh tật này, Bộ Y tế đã tổ chức nhiều hội thảo, xin ý kiến đông đảo các nhà khoa học trong và ngoài ngành y tế, tham khảo nhiều tài liệu khoa học trong và ngoài nước về tác hại của dioxin lên sức khỏe con người. Nguyên tắc để xây dựng Danh mục bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hóa học/dioxin hoàn toàn dựa trên những kết quả của các công trình nghiên cứu khoa học về ảnh hưởng của chất độc hóa học/dioxin lên sức khỏe con người đã được công bố ở trên thế giới và trong nước.
Hội đồng đã thận trọng rà soát, thẩm định từng bệnh, từng tên bệnh trong Danh mục bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hóa học/ dioxin.
Căn cứ vào Biên bản cuộc họp ngày 31/01/2008 của Hội đồng khoa học thẩm định danh mục bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan với chất độc hóa học/dioxin được thành lập theo Quyết định số 301/QĐ-BYT ngày 25/01/2008 của Bộ trưởng Bộ Y tế, ngày 20/02/2008, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ký Quyết định số 09/2008/QĐ-BYT ban hành Danh mục bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hóa học/dioxin.
Sau khi nhận được ý kiến của một số cử tri và của Hội Nạn nhân chất độc da cam/dioxin Việt Nam, đề nghị Bộ Y tế xem xét, bổ sung một số bệnh, tật vào trong danh mục bệnh tật đã ban hành kèm theo Quyết định số 09 nói trên, ngày 25/02/2011, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ký Quyết định số 539/QĐ-BYT về việc “Thành lập Hội đồng chuyên môn sửa đổi, bổ sung và hướng dẫn chẩn đoán bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hoá học/dioxin”. Hội đồng bao gồm 26 thành viên, gồm nhiều nhà khoa học Y học, xã hội học và cả những cán bộ tham mưu xây dựng chính sách. Hội đồng chuyên môn có nhiệm vụ tư vấn cho Bộ trưởng Bộ Y tế việc sửa đổi, bổ sung danh mục bệnh, tật đã ban hành kèm theo Quyết định số 09 và biên soạn tài liệu hướng dẫn chẩn đoán bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hóa học/dioxin ban hành kèm theo Quyết định 09.
Hội đồng chuyên môn đã căn cứ vào các tài liệu khoa học có liên quan ở trong nước và quốc tế đã được công bố để rà soát và xem xét cơ sở khoa học, sự cần thiết phải sửa đổi, bổ sung Danh mục bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hóa học/dioxin ban hành kèm theo Quyết định số 09/2008/QĐ-BYT ngày 20/2/2008 của Bộ trưởng Bộ Y tế.
Hội đồng đã đi đến kết luận: Hiện nay, chúng ta chưa có đủ cơ sở khoa học và thực tiễn để bổ sung, sửa đổi Danh mục các bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hóa học/dioxin được ban hành tại Quyết định số 09/2008/QĐ-BYT ngày 20 tháng 02 năm 2008 của Bộ trưởng Bộ Y tế. Do vậy, cho đến nay Danh mục bệnh tật ban hành kèm theo Quyết định số 09/2008/QĐ-BYT chưa có gì thay đổi. Bộ Y tế giao Hội đồng chuyên môn của Bộ Y tế tiếp tục nghiên cứu, khi có đủ cơ sở khoa học và thực tiễn, sẽ báo cáo Bộ trưởng Bộ Y tế để xem xét sửa đổi, bổ sung Danh mục các bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hóa học/dioxin.
Bộ Y tế đã giao cho các nhà khoa học thuộc các chuyên ngành biên tập và chỉnh sửa, bổ sung và đã hoàn thiện Tài liệu chuyên môn “Hướng dẫn chẩn đoán bệnh, tật, dị dạng, dị tật có liên quan đến phơi nhiễm với chất độc hoá học/dioxin”. Ngày 04 tháng 5 năm 2012, Bộ trưởng Bộ Y tế đã ký Quyết định số 1488/QĐ-BYT phê duyệt Tài liệu này. Hiện nay Bộ Y tế đã cho in để phát cho các Hội đồng giám định y khoa trong nước để sử dụng trong công tác giám định.
Bộ Y tế không được giao nhiệm vụ quy định, hướng dẫn thực hiện điều kiện, tiêu chuẩn, chế độ ưu đãi và quy định về hồ sơ, thủ tục, thẩm quyền xác nhận, lưu giữ hồ sơ; kiểm tra, thanh tra việc chấp hành chính sách đối với người có công với cách mạng và thân nhân của họ, nên Bộ Y tế không có cơ sở để rút ngắn các thủ tục quy trình giải quyết chế độ chính sách cho người tham gia kháng chiến bị nhiễm chất độc hóa học/dioxin..
Tuy nhiên, với chức năng nhiệm vụ được giao, trong thời gian qua, Bộ Y tế đã phối hợp chặt chẽ với Bộ Lao động - Thương binh vã Xã hội và các bộ ngành liên quan để giải quyết chế độ chính sách cho những người có công bị nhiễm chất độc hóa học/dioxin: Tiếp nhận điều trị, cấp giấy ra viện cho những người đến khám bệnh (trong đó có cả những người tham gia kháng chiến bị nhiễm chất độc hóa học/dioxin), tổ chức khám giám định theo đề nghị ngành Sở Lao động - Thương binh và Xã hội các tỉnh, thành phố theo quy định tại Thông tư số 08 nói trên.