Hàng năm, ngân sách Trung ương dành một nguồn vốn hỗ trợ có mục tiêu phát triển cơ sở hạ tầng Khu kinh tế cửa khẩu và phân bổ cho 21 tỉnh theo Quyết định số 60/2010/QĐ-TTg ngày 30 tháng 9 năm 2010 về việc ban hành các nguyên tắc, tiêu chí và định mức phân bổ vốn đầu tư phát triển nguồn ngân sách nhà nước giai đoạn 2011-2015. Tuy nhiên, do ngân sách nhà nước còn hạn hẹp nên nguồn vốn này chỉ mang tính chất là nguồn vốn mồi dùng để hỗ trợ một phần những cơ sở hạ tầng cơ bản tại các khu kinh tế cửa khẩu, không bao gồm các chợ biên giới, chợ cửa khẩu, chợ trung tâm.
Hiện nay, việc đầu tư cho các chợ biên giới, chợ cửa khẩu, chợ trung tâm được bố trí từ nguồn vốn Chương trình phát triển kinh tế - xã hội các vùng.