Qua hơn 20 năm thực hiện Luật Công đoàn cho thấy quyền gia nhập, thành lập và hoạt động công đoàn trong khu vực Nhà nước về cơ bản được tôn trọng và bảo đảm thực hiện theo quy định của Luật Công đoàn; Cùng với đó, quyền đại diện của tổ chức công đoàn cơ bản được tôn trọng, nhất là ở khu vực Nhà nước, công đoàn các cấp đều có đại diện tham gia các cơ cấu tổ chức, các hội đồng, ban chỉ đạo như Hội đồng thi đua khen thưởng, Hội đồng xét nâng bậc lương… Quyền tham gia kiến nghị, quyền kiểm tra, giám sát cũng được nhiều nơi tôn trọng và thực hiện ở các cấp công đoàn. Khi tranh chấp lao động và đình công tự phát xảy ra, công đoàn các cấp đã tích cực chủ động tham gia giải quyết góp phần ổn định quan hệ lao động tại doanh nghiệp đảm bảo quyền lợi hợp pháp, chính đáng cho người lao động.
Tuy nhiên, việc tuyên truyền, phổ biến Luật Công đoàn chưa được tiến hành thường xuyên, liên tục và mới tập trung nhiều đối với cán bộ, chưa chú trọng tuyên truyền trong công nhân lao động, nhất là công nhân lao động khu vực ngoài Nhà nước. Chất lượng, hiệu quả hoạt động công đoàn và đại diện bảo vệ đoàn viên, nhất là công đoàn cơ sở chưa cao, chưa tạo được sức hấp dẫn để thu hút người lao động tự nguyện gia nhập công đoàn. Quyền đại diện của công đoàn trong việc ký thỏa ước lao động tập thể tại nhiều doanh nghiệp còn gặp khó khăn. Vai trò của công đoàn cơ sở trong việc nắm bắt thông tin, thực hiện các giải pháp phòng ngừa tranh chấp lao động còn hạn chế, chưa thực hiện được vai trò tổ chức lãnh đạo đình công theo pháp luật. Một phần nguyên nhân do cơ chế bảo vệ cán bộ công đoàn cơ sở theo quy định của pháp luật chưa đủ mạnh. Hầu hết các doanh nghiệp ngoài nhà nước chưa bố trí tạo điều kiện và bảo đảm thời gian dành cho hoạt động công đoàn theo luật định.
Với những hạn chế trên, đa phần ý kiến tại Hội nghị đều thống nhất với việc ban hành Luật Công đoàn (sửa đổi) là phù hợp với thực tiễn, khắc phục được những hạn chế, bất cập của Luật Công đoàn 1990 khi áp dụng vào thực tiễn. Từ đó, làm rõ địa vị pháp lý của tổ chức công đoàn và quy định chi tiết quyền, trách nhiệm của công đoàn trong quan hệ lao động ở từng lĩnh vực.