Luật Giao thông đường thủy nội địa được ban hành năm 2004, sau 8 năm thi hành, Luật đã góp phần thúc đẩy sự phát triển của ngành giao thông đường thủy nội địa và nền kinh tế của đất nước; tạo lập được những điều kiện thuận lợi để các doanh nghiệp trong nước tham gia vào hoạt động giao thông, vận tải của các nước trong khu vực. Tuy nhiên, một số quy định của Luật hiện không còn phù hợp với thực tế. Một số nội dung còn thiếu, chưa được điều chỉnh trong Luật như khái niệm về chủ phương tiện, vật chướng ngại; khái niệm tai nạn giao thông đường thủy nội địa, quy định về cho thuê khai thác cảng, bến thủy nội địa. Một số quy định của Luật cần sửa đổi, bổ sung để bảo đảm tính thống nhất giữa Luật Giao thông đường thủy nội địa, Luật Giáo dục, Luật Khoa học và công nghệ. Việc sửa đổi, bổ sung Luật lần này sẽ tập trung mở rộng phạm vi điều chỉnh theo hướng áp dụng một số quy định có liên quan của Luật đối với hoạt động giao thông đường thủy nội địa diễn ra ở vùng nước. Bổ sung quy định khái niệm về chủ phương tiện, vật chướng ngại và tai nạn giao thông đường thủy nội địa. Sửa đổi, bổ sung quy định nội dung bảo vệ kết cấu hạ tầng giao thông đường thủy nội địa để quy định đầy đủ hơn về trách nhiệm bảo vệ kết cấu hạ tầng của các tổ chức, cá nhân.
Đa số đại biểu tán thành với sự cần thiết sửa đổi, bổ sung Luật bảo đảm tính kế thừa Luật Giao thông đường thủy nội địa năm 2004 và chỉ sửa đổi những quy định không còn phù hợp hoặc không rõ ràng; bổ sung những nội dung chưa được điều chỉnh trong Luật hiện hành khi nhu cầu quản lý cần phải quy định trong Luật; bỏ những quy định không còn phù hợp với thực tiễn và xu hướng phát triển của ngành. Khoản 2, Điều 1, dự án Luật có nêu: các quy định tại Luật này về phương tiện thủy nội địa, thuyền viên, người lái phương tiện, quy tắc giao thông và tín hiệu của phương tiện; tai nạn giao thông đường thủy nội địa, cứu nạn, cứu hộ đường thủy nội địa và vận tải đường thủy nội địa cũng được áp dụng đối với hoạt động giao thông trên vùng nước từ mép luồng đến mép bờ tự nhiên, và trên sông kênh, rạch, hồ, đầm, phá không phải là đường thủy nội địa. Một số đại biểu cho rằng, quy định này tuy chi tiết nhưng còn khó hiểu và nên viết lại ngắn gọn hơn theo hướng dự thảo Luật điều chỉnh hoạt động giao thông trên vùng nước không phải là đường thủy nội địa. Về kết cấu hạ tầng đường thủy, dự thảo Luật cần định nghĩa lại hạ tầng đường thủy để xác định rõ hơn phạm vi quản lý.