Trên cơ sở tiếp thu ý kiến của các vị đại biểu Quốc hội tại kỳ họp thứ 11, Quốc hội khóa XI, dự thảo Luật đã được chỉnh lý như sau: Dự thảo Luật đã bổ sung người được đề nghị đặc xá vào phạm vi điều chỉnh của Luật và quy định Luật được áp dụng đối với người bị kết án phạt tù. Dự thảo Luật không quy định đề nghị đặc xá đối với những người đang được hoãn, tạm đình chỉ chấp hành hình phạt tù nhân các sự kiện trọng đại hoặc các ngày lễ lớn của đất nước. Tuy nhiên, khi xét thấy cần thiết, Chủ tịch nước có thể quyết định đặc xá cho họ trong trường hợp đặc biệt.
Về nguyên tắc thực hiện đặc xá, việc đặc xá phải tuân thủ Hiến pháp, pháp luật, bảo đảm lợi ích của Nhà nước, quyền và lợi ích hợp pháp của tổ chức, cá nhân; bảo đảm dân chủ, khách quan, công bằng, công khai, minh bạch; các yêu cầu về đối nội, đối ngoại, an ninh quốc gia, trật tự, an toàn xã hội.
Về thời điểm đặc xá, Chủ tịch nước xem xét, quyết định về đặc xá đối với người đang chấp hành hình phạt tù nhân sự kiện trọng đại hoặc ngày lễ lớn của đất nước; trong trường hợp đặc biệt, Chủ tịch nước quyết định đặc xá đối với người bị kết án phạt tù mà không căn cứ vào thời điểm quy định như trên
Về điều kiện của người đang chấp hành hình phạt tù được đề nghị đặc xá, để bảo đảm quyền của Chủ tịch nước trong việc thực hiện đặc xá, dự thảo Luật chỉ quy định mang tính nguyên tắc chung mà không quy định cụ thể về thời gian tối thiểu đã chấp hành hình phạt tù đối với người đang chấp hành hình phạt tù được đề nghị đặc xá. Điều kiện này sẽ được quy định trong Quyết định về đặc xá của Chủ tịch nước.
Dự thảo Luật cũng quy định rõ sự ưu tiên đối với các trường hợp ưu tiên khi xét đặc xá, theo đó, thời hạn được xét đặc xá đối với trường hợp này ngắn hơn thời hạn đã chấp hành hình phạt tù của người đang chấp hành hình phạt tù theo quy định tại Điều 10 của Luật. Đồng thời dự thảo Luật quy định trách nhiệm của Nhà nước, nêu rõ trách nhiệm của Ủy ban nhân dân các cấp, các cơ quan, tổ chức có liên quan trong việc giúp đỡ người được đặc xá ổn định cuộc sống, có điều kiện để phấn đấu trở thành người có ích cho xã hội.
Biểu quyết tại Hội trường với 347/446 đại biểu tán thành, đạt 88,64%, Quốc hội nhất trí thông qua Luật đặc xá, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/03/2008.
Về Dự án Luật Tương trợ tư pháp
Trên cơ sở những đóng góp của đại biểu Quốc hội tại kỳ họp thứ 10, Quốc hội khoá XI, dự thảo Luật trình Quốc hội tại kỳ họp này đã được chỉnh lý như sau:
Về trách nhiệm của các cơ quan nhà nước trong hoạt động tương trợ tư pháp: bên cạnh quy định trách nhiệm của Chính phủ thống nhất quản lý Nhà nước về các hoạt động tư pháp, dự thảo Luật quy định rõ trách nhiệm của Bộ Tư pháp, Bộ Công an, Toà án nhân dân tối cao, Viện Kiểm sát nhân dân tối cao trong việc tiếp nhận, chuyển giao, xem xét giải quyết các uỷ thác tư pháp và các hoạt động khác liên quan đến tương trợ tư pháp thuộc phạm vi phụ trách của Bộ, ngành. Dự thảo Luật cũng đã bổ sung quy định về trách nhiệm của Toà án nhân dân và Viện kiểm sát nhân dân cấp tỉnh; trách nhiệm của các cơ quan điều tra trong hoạt động tương trợ tư pháp; giao Bộ Tư pháp là cơ quan giúp Chính phủ trong việc thực hiện quản lý nhà nước về tương trợ tư pháp.
Về cơ quan đầu mối ở trung ương trong việc tiếp nhận và chuyển giao hồ sơ, tài liệu về tương trợ tư pháp, dự thảo Luật đã được chỉnh lý theo hướng quy định trách nhiệm cụ thể của các cơ quan trung ương trong trong từng lĩnh vực tương trợ tư pháp, cụ thể: Bộ Tư pháp chịu trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, chuyển giao, theo dõi việc thực hiện các uỷ thác tư pháp về dân sự đối với các nước mà Việt Nam đã ký kết hiệp định tương trợ tư pháp; Toà án nhân dân tối cao có trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, chuyển giao, theo dõi, đôn đốc việc thực hiện các uỷ thác về dân sự của các nước trừ các uỷ thác tư pháp Việt Nam đã ký Hiệp định; Viện Kiểm sát nhân dân tối cao chịu trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, chuyển giao, theo dõi, đôn đốc việc thực hiện các uỷ thác tư pháp về hình sự; Bộ Công an chịu trách nhiệm tiếp nhận hồ sơ, chuyển giao, theo dõi, đôn đốc việc thực hiện các uỷ thác tư pháp về dẫn độ và chuyển giao người đang chấp hành hình phạt tù.
Về quyết định áp dụng nguyên tắc có đi có lại, dự thảo Luật quy định việc áp dụng nguyên tắc có đi có lại chỉ thực hiện đối với các nước chưa gia nhập hoặc chưa ký kết với Việt Nam điều ước quốc tế về tương trợ tư pháp, đồng thời giao Bộ Ngoại giao chủ trì phối hợp với các bộ, ngành có liên quan xem xét áp dụng nguyên tắc này
Về cơ quan đại diện của Việt Nam ở nước ngoài, dự thảo Luật quy định các cơ quan này thực hiện các uỷ thác tư pháp có liên quan đến công dân Việt Nam ở nước sở tại theo yêu cầu của cơ quan nhà nước có thẩm quyền ở Việt Nam theo quy định của pháp luật Việt Nam, điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên và không trái với pháp luật nước sở tại; tiếp nhận các yêu cầu uỷ thác tư pháp của nước ngoài và chuyển cho các cơ quan có thẩm quyền ở Việt Nam; chuyển đề nghị và hồ sơ uỷ thác tư pháp của cơ quan có thẩm quyền của Việt Nam cho Bộ ngoại giao của nước sở tại để chuyển cho cơ quan có thẩm quyền của nước này xem xét thực hiện.
Ngoài ra, dự thảo Luật còn sửa đổi, bổ sung quy định về các vấn đề khác như chi phí cho việc thực hiện ủy thác tư pháp, dẫn độ và chuyển giao người đang chấp hành hình phạt tù; không truy cứu trách nhiệm hình sự hoặc dẫn độ cho nước thứ ba; về trình tự, thủ tục ra quyết định dẫn độ...
Biểu quyết toàn thể tại Hội trường với 439/493 đại biểu tán thành, đạt 88,03%, Quốc hội nhất trí thông qua Luật Tương trợ tư pháp, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2008
Về Dự án Luật Thuế thu nhập cá nhân
Trên cơ sở nghiên cứu, tiếp thu ý kiến của nhân dân, của các đại biểu Quốc hội và phiên họp thứ hai của UBTVQH, dự thảo Luật thuế thu nhập cá nhân đã được sửa đổi bổ sung về nhiều nội dung cơ bản như đối tượng nộp thuế, thu nhập chịu thuế và không chịu thuế, quy định giảm trừ gia cảnh, biểu thuế…
Về đối tượng nộp thuế (đối với “hộ kinh doanh”), dự thảo Luật sửa đổi quy định theo hướng: cá nhân được đăng ký số lượng người cùng tham gia kinh doanh trong một đăng ký kinh doanh, trường hợp cá nhân không đăng ký thì toàn bộ thu nhập từ hoạt động kinh doanh được tính cho một mình cá nhân đó.
Đối với việc nộp thuế thu nhập cá nhân của các thành viên hợp danh của công ty hợp danh, dự thảo Luật quy định thu thuế thu nhập cá nhân 5% (tương tự như đối với thu nhập từ cổ tức) đối với phần thu nhập của thành viên hợp danh sau khi công ty hợp danh đã nộp thuế thu nhập doanh nghiệp.
Về thu nhập chịu thuế, dự thảo Luật bổ sung khoản thu nhập chịu thuế từ thừa kế, quà tặng là bất động sản phải đăng ký, đồng thời quy định chi tiết 9 loại thu nhập chịu thuế, trong mỗi loại thu nhập quy định nội dung chi tiết theo từng nhóm khác nhau (cụ thể, thu nhập từ sản xuất kinh doanh gồm 2 nhóm: thu nhập từ các hoạt động sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ và thu nhập của cá nhân từ hoạt động hành nghề độc lập; thu nhập từ đầu tư vốn được quy định chi tiết thành các nhóm: tiền lãi cho vay, lợi tức cổ phần, thu nhập từ đầu tư vốn dưới các hình thức khác...)
Về các khoản thu nhập không chịu thuế, dự thảo Luật đã chuyển một số khoản thu nhập không chịu thuế sang khoản thu nhập được miễn thuế (do đối với thu nhập miễn thuế, cá nhân phải kê khai theo quy định của Luật quản lý thuế, qua đó Nhà nước nắm được thông tin phục vụ công tác quản lý); dự thảo Luật cũng đã bổ sung một điều mới về việc giảm trừ cho các khoản đóng góp từ thiện, theo đó các khoản đóng góp từ thiện được trừ vào thu nhập trước khi tính thuế bao gồm: các khoản chi cho trẻ em có hoàn cảnh đặc biệt khó khăn, người tàn tật, người già không nơi nương tựa, các khoản chi đóng góp vào các quỹ từ thiện, quỹ khuyến học; dự thảo Luật quy định không thu thuế đối với thu nhập từ tiền lương hưu do bảo hiểm xã hội chi trả, thu nhập từ kiều hối, đồng thời đã bỏ quy định không thu thuế đối với thu nhập từ chuyển nhượng nhà ở, quyền sử dụng đất ở của cá nhân đã có quyền sở hữu nhà ở, quyền sử dụng đất ở từ 5 năm trở lên.
Về giảm trừ gia cảnh, dự thảo Luật quy định mức giảm trừ là 4 triệu đồng/tháng (theo đó mức giảm trừ đối với mỗi người phụ thuộc là 1,6 triệu đồng/tháng), không khống chế số tiền tối đa được tính giảm trừ, đồng thời dự thảo Luật đã quy định chi tiết thêm về người phụ thuộc của đối tượng nộp thuế.
Biểu quyết toàn phần tại Hội trường với 390/493 đại biểu tán thành, đạt 79,11%, Quốc hội nhất trí thông qua Luật thuế thu nhập cá nhân, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2009.