Dự thảo Luật đưa ra hai phương án tổ chức chính quyền địa phương. Theo đó, phương án 1 là ở một số đơn vị hành chính sẽ không có HĐND; phương án 2 là tổ chức chính quyền địa phương đầy đủ ở cả 3 cấp như Luật Tổ chức HĐND và UBND hiện hành. Đề xuất này đã gây nhiều tranh luận tại Phiên thảo luận Tổ của QH về dự án Luật này. Tôi cho rằng, mô hình tổ chức chính quyền địa phương dù theo phương án nào cũng phải tuân thủ một nguyên tắc chung đó là: bảo đảm được quyền làm chủ của dân. Lý lẽ của cơ quan soạn thảo khi đề xuất hai phương án như trên là nhằm tinh giản bộ máy quản lý Nhà nước. Theo tôi, việc thu gọn bộ máy Nhà nước cho bớt cồng kềnh, quan liêu là hết sức quan trọng và cần thiết. Nhưng cho dù anh muốn tổ chức bộ máy tinh gọn thế nào thì bộ máy đó vẫn phải bảo đảm không được xâm phạm nguyên tắc nêu trên, không được xâm phạm quyền làm chủ của nhân dân.
Nếu áp dụng phương án 1, tức là, không tổ chức HĐND ở cấp quận, phường thì quyền làm chủ của nhân dân ở cấp phường chỉ có thể được thực hiện thông qua HĐND thành phố - ở đây, sẽ có các trường hợp thành phố trực thuộc tỉnh hoặc thành phố trực thuộc Trung ương, chưa nói đến một mô hình nữa cũng đang được bàn đến là thành phố trong thành phố... Khi đó, HĐND thành phố có thể đại diện cho cử tri toàn thành phố được không? Người dân ở cấp cơ sở có thể thực hiện quyền làm chủ của mình một cách trọn vẹn thông qua HĐND thành phố được hay không? Thực tế triển khai thực hiện thí điểm không tổ chức HĐND cấp huyện, phường ở một số địa phương trước đây đã chứng minh: không tổ chức HĐND quận, phường thì người dân ở đây sẽ không có thiết chế nào để thực hiện quyền làm chủ của mình và chỉ biết trông chờ vào HĐND cấp cao hơn. Và thực tế, không phải lúc nào HĐND cấp cao hơn nào cũng với tay được xuống đến cơ sở. Vì vậy, theo phương án 1, quyền làm chủ của người dân sẽ không được bảo đảm.
Dự thảo Luật cũng đã thể hiện được định hướng mới về tổ chức chính quyền địa phương có sự phân biệt giữa chính quyền tại địa bàn nông thôn với địa bàn đô thị, hải đảo... Ở đây, tôi quan tâm đến vấn đề tổ chức chính quyền đô thị. Vừa qua, một số thành phố lớn như TP Hồ Chí Minh và Đà Nẵng đã đề xuất tổ chức mô hình chính quyền đô thị. Tôi rất muốn nghe những địa phương này đưa ra lý lẽ về việc vì sao nên hoặc không nên tổ chức theo mô hình này và làm như vậy thì có cần thiết không? Lẽ ra vấn đề tổ chức chính quyền đô thị cần phải được thực tiễn kiểm nghiệm, có kết luận chính thức rồi mới đưa vào dự án Luật này để bàn. Còn thực tế hiện nay, đề xuất mô hình tổ chức chính quyền đô thị chưa được thực hiện mà cơ quan soạn thảo đã muốn đưa ngay vào Luật thì không hợp lý, chưa chín cả về lý luận và thực tế.