Đại biểu cho rằng, quy định này nhằm đảm bảo tính khách quan trong mối quan hệ công tác giữa Quốc hội và Chính phủ. Hiến pháp đã quy định Chính phủ là cơ quan chấp hành của Quốc hội, Quốc hội có chức năng giám sát hoạt động của Chính phủ. Do đó, các thành viên của Chính phủ là những người bị giám sát nên không thể đồng thời là người thực hiện quyền giám sát.
Đại biểu cũng nhất trí không quy định cụ thể số lượng, tên gọi các bộ, cơ quan ngang bộ trong dự thảo luật mà đầu nhiệm kỳ của mỗi khóa Quốc hội, Quốc hội sẽ quyết định cụ thể số lượng, tên gọi các bộ, cơ quan ngang bộ cho nhiệm kỳ đó.
Điều này, một mặt sẽ tạo cơ sở pháp lý để xây dựng một Chính phủ năng động, linh hoạt, phù hợp với yêu cầu của từng thời kỳ. Mặt khác, nếu quy định cứng số lượng và tên gọi của các bộ, cơ quan ngang bộ sẽ làm cho luật khó có tính khả thi và không đảm bảo tính ổn định, lâu dài của luật.
Đánh giá quy định về địa vị pháp lý và nhiệm vụ, quyền hạn của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ trong dự thảo luật tương đối cụ thể, tuy nhiên đại biểu Huỳnh Thành đề nghị nghiên cứu, bổ sung các nội dung:
Thứ nhất, quy định về trường hợp từ chức, miễn nhiệm, bãi nhiệm đối với Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ; Thứ hai, quy định về chế độ tiếp công dân của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ theo Luật tiếp công dân năm 2013; Thứ ba, bổ sung vào Khoản 6 quy định về việc ủy quyền cho chính quyền địa phương thực hiện một số nhiệm vụ, quyền hạn của mình trong khoảng thời gian xác định, kèm theo các điều kiện cụ thể để đảm bảo thống nhất với Điều 14 của dự thảo Luật tổ chức chính quyền địa phương.
Ngoài các nội dung trên, ĐBQH Huỳnh Thành cũng đề nghị xem xét, đối chiếu Hiến pháp 2013 cùng một số luật có liên quan với các quy định trong dự thảo Luật về nhiệm vụ, quyền hạn của Chính phủ như: tại khoản 4, Điều 8 trong quản lý và phát triển kinh tế; Khoản 4, Điều 14 trong quản lý về y tế và dân số; khoản 1, Điều 21 trong việc bảo vệ quyền và lợi ích của Nhà nước và xã hội, quyền con người, quyền công dân…