Tuy nhiên, việc quy định về địa vị pháp lý của cơ quan Thanh tra trong dự thảo Luật vẫn chưa rõ ràng, chưa thể hiện rõ tính độc lập và tự chịu trách nhiệm của các cơ quan thanh tra. Về thanh tra chuyên ngành, trình tự, thủ tục thanh tra chuyên ngành, nhiều ý kiến đề nghị dự thảo Luật nên theo hướng không cho phép thành lập tổ chức thanh tra chuyên ngành độc lập, vì như vậy sẽ không đáp ứng được yêu cầu CCHC tinh giảm, gọn nhẹ bộ máy; đồng thời trong quản lý chuyên ngành không có sự phân biệt hoạt động thanh tra với hoạt động quản lý nhà nước. Về trình tự, thủ tục nguyên tắc nhằm bảo đảm tính thống nhất của trình tự trong hoạt động thanh tra nên có những quy định mang tính nguyên tắc làm cơ sở pháp lý cho các chuyên ngành cụ thể. Để tạo điều kiện tính năng độc lập (tương đối) của cơ quan thanh tra, đề nghị bổ sung vào dự thảo Luật một số nhiệm vụ, quyền hạn cho cơ quan thanh tra, Thủ trưởng cơ quan thanh tra; xác định rõ và phân định thẩm quyền xử lý sai phạm của cơ quan thanh tra; có chế tài cụ thể để xử lý nghiêm đối với những đối tượng không thực hiện kiến nghị kết luận của thanh tra.