Qua giám sát cho thấy, công tác thu phí, lệ phí được thực hiện theo đúng quy định và thực hiện đúng đối tượng, bảo đảm thống nhất mức thu của từng loại phí, lệ phí; Năm 2005 quản lý 45 loại phí, lệ phí thu nộp ngân sách hơn 4,5tỷ đồng; Năm 2006 quản lý 57 loại phí, lệ phí thu nộp ngân sách gần 5 tỷ đồng. Hầu hết các cơ quan, đơn vị tổ chức thu phí, lệ phí thực hiện đúng mục, mức thu, mức trích nộp ngân sách theo quy định... Tuy nhiên, công tác thu, quản lý, sử dụng phí, lệ phí còn một số hạn chế như: Nhận thức của nhiều cơ quan, đơn vị về phí, lệ phí chưa đầy đủ; Việc tổ chức thu một số loại phí còn chồng chéo; Một số huyện, thị xã thu phí, lệ phí đạt thấp so với kế hoạch; Một số khoản thu chưa có trong danh mục phí, lệ phí...