Việc thu tiền thuê đất, mặt nước thời gian qua còn chậm. Hiện vẫn còn 125 vị trí đất của các tổ chức chưa có quyết định cho thuê đất hoặc chuyển sang hình thức thuê đất, chủ yếu là các DNNN khi cổ phần hoá chưa hoàn tất các thủ tục về đất đai; Công tác quản lý, lưu trữ hồ sơ các dự án thuê đất hoặc chuyển sang hình thức thuê đất hạn chế. Một số đơn vị đã có Quyết định cho thuê đất của UBND tỉnh nhưng hồ sơ bị thất lạc nên chưa tiến hành điều chỉnh đơn giá chính thức; Việc truy thu phần chênh lệch tiền thuê đất năm 2006 của một số DN gặp khó khăn do thời điểm áp dụng đơn giá thuê đất mới từ ngày 1.1.2006. Trong khi đó, năm 2007 các ngành chức năng mới xác định được đơn giá mới, các DN đã thực hiện xong quyết toán tài chính.