Theo báo cáo, hệ thống xử lý nước thải của Bệnh viện được đưa vào hoạt động từ tháng 7.2001 với công suất thiết kế 250 khối/ngày đêm, đáp ứng quy mô phục vụ 500 giường bệnh. Hàng năm, Bệnh viện được hướng dẫn quy trình vận hành hệ thống xử lý nước thải, rác y tế, lấy mẫu nước thải để kiểm định tại Trung tâm phân tích thí nghiệm thuộc Sở Khoa học- Công nghệ thành phố, kết quả đều đạt tiêu chuẩn. Ban ghi nhận nỗ lực của Bệnh viện trong việc tích cực đầu tư và vận hành hệ thống xử lý nước thải. Tuy nhiên, với dự kiến mở rộng phạm vi hoạt động của Bệnh viện, Ban giám đốc cần nghiên cứu cải tạo và vận hành hệ thống xử lý nước thải theo đúng quy trình kỹ thuật.