Theo Bộ Tài chính, danh mục về phí hiện có 73 loại phí, được sắp xếp thành 12 nhóm theo tính chất công việc gắn với lĩnh vực, nhóm ngành; danh mục lệ phí gồm 43 loại lệ phí, được xếp thành 5 nhóm, phù hợp với nhóm các công việc quản lý hành chính nhà nước. Đây là danh mục ban hành trong thời kỳ đầu thực hiện chủ trương xã hội hóa dịch vụ công ích, các dịch vụ đều do cơ quan quản lý nhà nước cung cấp. Hiện nay đã có nhiều dịch vụ công được chuyển sang cho đơn vị ngoài nhà nước cung cấp và nhiều khoản phí đã chuyển sang thực hiện theo cơ chế giá theo quy định của luật chuyên ngành. Bên cạnh đó, thời gian qua các luật, pháp lệnh chuyên ngành có quy định một số loại phí mới, nằm ngoài danh mục đã quy định, trong khi một số loại phí, lệ phí trong danh mục không phát sinh hoặc đã dừng thu. Do vậy, cần xem xét bổ sung cũng như loại bỏ một số loại phí, lệ phí nhằm bảo đảm tính thống nhất của Danh mục.
Đại biểu dự Hội nghị cho rằng, các loại phí, lệ phí hiện do nhiều cơ quan ban hành ngoài danh mục và được quy định rải rác tại nhiều văn bản luật khác nhau dẫn đến sự chồng chéo và gây khó khăn khi thực hiện. Ngoài ra, nếu thực hiện cơ chế thị trường theo lộ trình đối với cung cấp các dịch vụ công và bảo đảm công bằng giữa đơn vị sự nghiệp công lập và ngoài công lập, sẽ khuyến khích doanh nghiệp thuộc các thành phần kinh tế tham gia phát triển dịch vụ công. Một số đại biểu đề nghị quy định toàn bộ các nguồn phí, lệ phí thu được đều phải nộp 100% vào ngân sách nhà nước. Ngân sách sẽ cấp trở lại theo tỷ lệ phần trăm tính trên số phí, lệ phí thực nộp vào ngân sách quy định cho từng loại phí, lệ phí. Thực tế với cơ chế để lại nguồn thu như hiện nay đang làm phân tán nguồn lực tài chính công và là một trong những nguyên nhân phát sinh các loại phí. Do vậy, cần đánh giá cơ chế để lại nguồn thu cho tổ chức thu phí để tiến tới mọi khoản thu từ phí, lệ phí phải nộp ngân sách nhà nước, bảo đảm tính thống nhất của ngân sách nhà nước. Đối với những khoản thu từ phí, lệ phí gắn với chức năng quản lý nhà nước và dịch vụ công ở địa phương thì được phân cấp cho ngân sách địa phương.