Với vai trò là cơ quan do QH thành lập, hoạt động độc lập, Kiểm toán nhà nướác (KTNN) là công cụ quan trọng để kiểm tra thường xuyên, liên tục việc chấp hành pháp luật và chính sách tài chính trong quá trình quản lý thu chi ngân sách nhà nước; đồng thời đưa ra những đánh giá, nhận xét, kiến nghị xử lý các sai phạm, bảo đảm ngân sách được sử dụng đúng mục đích, góp phần tiết kiệm nguồn lực tài chính, nâng cao hiệu quả hoạt động của các cơ quan quản lý nhà nước. Trong giai đoạn 2006 - 2010, KTNN đã kiến nghị xử lý tài chính hơn 70.500 tỷ đồng; kiến nghị các bộ, ngành, địa phương hủy bỏ 128 văn bản và sửa đổi, bổ sung 105 văn bản trong lĩnh vực quản lý và sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước. Theo đánh giá của các đại biểu tại Hội thảo, trong thời gian qua, Báo cáo KTNN đã trở thành căn cứ quan trọng cho QH trong quá trình xem xét, quyết định tổng ngân sách nhà nước, giám sát việc thực hiện các chính sách tài chính, tiền tệ của Chính phủ, các bộ, ngành. Đối với ngân sách địa phương, các thông tin do KTNN cung cấp đã giúp HĐND đánh giá sát hơn thực trạng quản lý ngân sách ở địa phương, có đầy đủ cơ sở hơn để quyết định việc phân bổ và quyết toán ngân sách nhà nước. Việc thực hiện tốt các kết luận, kiến nghị của KTNN không chỉ góp phần chống thất thoát, lãng phí trong quản lý, sử dụng ngân sách, tiền và tài sản nhà nước mà còn thể hiện tính nghiêm minh của pháp luật.
Tuy nhiên, các đại biểu cũng cho rằng, trên thực tế, việc thực hiện các kết luận, kiến nghị của KTNN thời gian qua vẫn còn nhiều hạn chế và bất cập; vẫn còn tình trạng chậm thực hiện, thực hiện không đầy đủ, thậm chí là không thực hiện các kết luận, kiến nghị của KTNN. Nguyên nhân thì có nhiều, trong đó việc không có chế tài xử phạt đối với các đơn vị vi phạm trong việc thực hiện kết luận, kiến nghị của KTNN là một trong những nguyên nhân chính làm hạn chế hiệu quả công tác này. Những quyền hạn của KTNN theo quy định tại Luật Kiểm toán Nhà nước không đủ mạnh để có thể yêu cầu các đơn vị được kiểm toán thực hiện nghiêm túc, kịp thời các kết luận, kiến nghị đã đưa ra. Để khắc phục tình trạng này, một số ý kiến đề xuất, QH và HĐND các cấp cần xây dựng và thực hiện chương trình giám sát hàng năm về kết quả thực hiện kết luận, kiến nghị kiểm toán của các bộ, ngành, địa phương trên cơ sở các báo cáo kiểm toán đã được KTNN phát hành. Bên cạnh đó, cần sớm ban hành các chế tài quy định xử lý đối với các đơn vị không thực hiện nghiêm túc các kết luận, kiến nghị hợp lý của KTNN như: xác định trách nhiệm của các cá nhân, đơn vị không thực hiện kiến nghị; thông báo trên các phương tiện thông tin đại chúng; dừng cấp ngân sách nhà nước cho các đơn vị không thực hiện hoặc thực hiện không đúng thời hạn các kết luận, kiến nghị...