Trên cơ sở tiếp thu ý kiến chỉ đạo của Thường trực Chính phủ tại cuộc họp lần thứ nhất, PPJ và các bộ, ngành tập trung trình bày và thảo luận về định hướng phát triển không gian, các giải pháp quy hoạch, bảo tồn, định hướng sử dụng đất, đồng thời đưa ra các ý tưởng ban đầu phát triển khu vực hành chính của Hà Nội, sử dụng đất, phát triển hạ tầng kỹ thuật, nhà ở, mạng lưới giao thông và chiến lược về môi trường. Trên cơ sở tiêu chí quy hoạch xây dựng Thủ đô là phát triển bền vững, PPJ đề xuất hai phương án quy hoạch. Phương án 1: Ðô thị trung tâm được mở rộng, giảm thiểu mật độ ở các đô thị vệ tinh và trung tâm hành chính quốc gia gần đô thị trung tâm. Phương án 2: Ðô thị trung tâm mở rộng sẽ tách khỏi đô thị hiện tại bằng vùng đệm xanh và Trung tâm hành chính sẽ cách thành phố lõi 18 km về phía tây. Liên danh tư vấn cũng đưa ra phương án thứ 3 kết hợp các ưu điểm của phương án 1 và 2, trong đó khu vực đô thị trung tâm sẽ mở rộng về phía tây, còn Trung tâm hành chính sẽ cách thành phố lõi về phía tây...
Thường trực Chính phủ và các thành viên dự họp đã đóng góp nhiều ý kiến sâu sắc để Bộ Xây dựng và PPJ bổ sung hoàn thiện báo cáo quy hoạch chung Thủ đô Hà Nội lần 3 trong tháng 9, 10-2009.
Ðồng tình với nhiều ý kiến lựa chọn phương án 3 sẽ kết hợp được nhiều ưu điểm của hai phương án, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng lưu ý cần phân tích rõ những ưu điểm của phương án 3 trong việc khắc phục những hạn chế hiện tại và tương lai, khắc phục được các nhược điểm của các thành phố khác trên thế giới. Theo đó, quy hoạch Thủ đô với mục tiêu là xây dựng Hà Nội trở thành Thủ đô văn minh, hiện đại, phát triển bền vững, xứng tầm Thủ đô 1000 năm văn hiến, một Thủ đô của đất nước công nghiệp phát triển với dân số hơn 120 triệu dân trong tương lai. Thủ tướng chỉ đạo PPJ cần bám sát yêu cầu trên để tiếp tục hoàn thiện đồ án theo hướng lựa chọn mở rộng không gian đô thị Hà Nội theo phương án vừa có đô thị trung tâm, vừa có các đô thị vệ tinh như Hòa Lạc, Sơn Tây, Xuân Mai, Quốc Oai, Phú Xuyên, Ðông Anh, Mê Linh, Sóc Sơn, trong đó không gian chung dành để xây dựng đô thị khoảng 30%, còn 70% là vùng đệm xanh. Giữ cho được tất cả sông, hồ và sông chảy qua Hà Nội phải đẹp về cảnh quan, sạch về môi trường... Thủ tướng nhấn mạnh: Trong phát triển đô thị dứt khoát không phân lô, bán nền. Tập trung nâng cấp, bảo tồn trung tâm cũ gắn với bảo tồn các công trình văn hóa vật thể và các giá trị văn hóa phi vật thể, nhất là các công trình trong khu vực cổ.
Thủ tướng yêu cầu PPJ trong khi nghiên cứu, bổ sung, hoàn thiện đồ án phải chú ý tính kết nối giữa Thủ đô Hà Nội và các thành phố, địa phương khác; nâng cấp, bảo tồn, tôn tạo các trung tâm đô thị cổ, cũ; làm rõ hơn các phương án xây dựng kết cấu hạ tầng Thủ đô như đường bộ, đường sắt, công trình ngầm... bảo đảm tính đồng bộ và hiện đại, đồng thời bỏ phương án phân lũ đã có trước đây. Trong báo cáo lần 3, PPJ phải trình bày rõ hơn và cụ thể hơn phương án phát triển hệ thống kết cấu hạ tầng giao thông đường bộ, đường sắt và đường thủy với yêu cầu hiện đại, bảo đảm không ùn tắc và kết nối vùng; xây dựng phương án thoát lũ; làm rõ hơn các khu chức năng như hành chính, đô thị, trung tâm.
Thủ tướng chỉ đạo cùng với việc không cấp phép mới các dự án, Hà Nội tiếp tục rà soát các dự án còn lại trong số hơn 740 dự án đã cấp phép trình Chính phủ. Dự án nào phù hợp định hướng quy hoạch thì tiếp tục triển khai còn lại phải dừng vì mục tiêu chung, đồng thời huy động các nguồn vốn phát triển hạ tầng giao thông như trục xuyên tâm, đường sắt trên cao, đường sắt ngầm. Tiếp tục nâng cấp Cảng Hàng không quốc tế Nội Bài đáp ứng tần suất 50 triệu lượt hành khách/năm và không nhất thiết phải xây dựng sân bay thứ hai ở Thủ đô mà có thể xây dựng ở các vùng phụ cận khác.
Thủ tướng giao Bộ Tài nguyên và Môi trường xây dựng Báo cáo đánh giá môi trường chiến lược cho Thủ đô Hà Nội; các cơ quan chức năng liên quan làm thủ tục mời đơn vị tư vấn phản biện và chuẩn bị thành lập Hội đồng thẩm định Nhà nước Ðồ án quy hoạch chung xây dựng Thủ đô Hà Nội đến năm 2030 và tầm nhìn đến năm 2050 trước khi trình Quốc hội xem xét, quyết định trong năm 2010.