Quá trình tổng kết thi hành Hiến pháp của Chính phủ đã góp phần làm sâu sắc hơn cơ sở lý luận và thực tiễn cho sửa đổi, bổ sung Hiến pháp năm 1992. Ban Chỉ đạo đã đề nghị một số nội dung liên quan đến việc sửa đổi Hiến pháp, trong đó cần tập trung vào nội dung đổi mới tổ chức bộ máy Nhà nước; kế thừa những yếu tố hợp lý trong tổ chức quyền lực, phân công quyền lực của Hiến pháp năm 1992; đổi mới phân công, phối hợp và kiểm soát quyền lực giữa các cơ quan Nhà nước thực hiện các quyền lập pháp, hành pháp, tư pháp. Ban chỉ đạo cũng đề nghị, sửa đổi Hiến pháp năm 1992 lần này cần phân biệt mô hình chính quyền đô thị, chính quyền nông thôn. Thực tế cho thấy, thực hiện quy định của Hiến pháp năm 1992 và các văn bản pháp luật có liên quan, tổ chức và hoạt động của HĐND, UBND đã dần đi vào ổn định, từng bước nâng cao hiệu lực, hiệu quả trong hoạt động. Song, vị trí của HĐND, UBND chưa được xác định rõ, dẫn đến khó khăn cho Chính phủ trong việc chỉ đạo, đôn đốc HĐND tổ chức thực thi chính sách, pháp luật; phạm vi hướng dẫn, kiểm tra của Chính phủ đối với hoạt động của HĐND còn hạn hẹp; thẩm quyền của Thủ tướng đối với chính quyền địa phương trong việc phê chuẩn các chức danh bầu cử còn mang tính hình thức và thiếu hướng dẫn thực hiện; thiếu cơ chế kiểm soát của Chính phủ đối với hoạt động của chính quyền các cấp. Do chưa có quy định về cơ chế phân cấp, phân quyền giữa Trung ương và địa phương; chưa có sự phân biệt về mô hình tổ chức chính quyền địa phương ở đô thị và nông thôn nên vai trò tự chủ của chính quyền địa phương chưa được phát huy. Theo Ban chỉ đạo, để phát huy vai trò tự chủ, tự chịu trách nhiệm của chính quyền địa phương theo tinh thần Nghị quyết Đại hội XI của Đảng, Hiến pháp cần quy định rõ chính quyền địa phương vừa tổ chức thực hiện văn bản của các cơ quan nhà nước cấp trên, vừa thực hiện quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong phạm vi những lĩnh vực được phân cấp, phân quyền.