Thảo luận tại Hội nghị, các đại biểu tập trung cho ý kiến về những vấn đề liên quan đến phương thức thực hiện quyền lực nhà nước của nhân dân; vai trò, vị trí của MTTQ Việt Nam trong hệ thống chính trị; quyền sở hữu đất đai; vai trò lãnh đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam...
Trong đó, Điều 9 nói về vai trò, vị trí của MTTQ Việt Nam trong hệ thống chính trị và trong thực hiện nhiệm vụ giám sát, phản biện xã hội là nội dung được nhiều đại biểu tập trung góp ý với mong muốn khẳng định và thể hiện rõ hơn nữa tư tưởng phát huy sức mạnh đại đoàn kết toàn dân tộc, coi đại đoàn kết toàn dân là động lực, nguồn sức mạnh to lớn để xây dựng, phát triển đất nước.
Các ý kiến cho rằng, cần khẳng định trong Hiến pháp: MTTQ là một bộ phận của hệ thống chính trị và làm rõ nội dung giám sát, phản biện xã hội của MTTQ vì giám sát và phản biện xã hội có phạm vi, lĩnh vực và đối tượng khác nhau, nên tách riêng mà không gộp chung một khoản như trong Dự thảo.
Chủ tịch MTTQ Việt Nam tỉnh Hải Dương Lương Anh Tế góp ý, cần bổ sung MTTQ tham gia xây dựng Đảng, thực hiện giám sát và phản biện xã hội đối với các tổ chức đảng, đảng viên. Nội dung này phù hợp với tinh thần Nghị quyết Đại hội X, XI của Đảng là MTTQ Việt Nam tham gia xây dựng Đảng và giám sát hoạt động của các tổ chức đảng và đảng viên, phù hợp với việc Bộ Chính trị chuẩn bị ban hành “Quy chế giám sát và phản biện xã hội của MTTQ Việt Nam và các tổ chức chính trị-xã hội” và ban hành cơ chế để MTTQ, các tổ chức chính trị xã hội và nhân dân tham gia xây dựng Đảng, chính quyền.
Các đại biểu cũng lưu ý, nên thay cụm từ “Nhà nước tạo điều kiện” bằng cụm từ “Nhà nước bảo đảm điều kiện” tại khoản 3 của Điều 9. Chủ tịch Ủy ban MTTQ Việt Nam tỉnh Kon Tum Trần Bình Trọng nhấn mạnh: “MTTQ là một trong 4 yếu tố cấu thành hệ thống chính trị của nước ta bao gồm: Đảng Cộng sản Việt Nam, Nhà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam, MTTQ Việt Nam, các đoàn thể xã hội và các tổ chức chính trị - xã hội hợp pháp khác. Do vậy Nhà nước không thể tạo điều kiện cho Mặt trận mà là phải đảm bảo cho Mặt trận… hoạt động". Mặt khác, cần hiểu, tạo điều kiện không chỉ đơn thuần là về cơ sở vật chất, kinh phí, phương tiện mà còn là về luật pháp, cơ chế, chính sách để MTTQ, các tổ chức thành viên hoạt động.
Tại Hội nghị, nhiều đại biểu cũng góp ý vào Điều 58, quyền sử dụng đất đai. Theo các đại biểu, đất đai là vấn đề rất nhạy cảm, viết như Dự thảo hiện nay là chưa xác đáng. Đất đai thu hồi chỉ “thật cần thiết” vì lý do an ninh quốc phòng hoặc vì lợi ích quốc gia, lợi ích công cộng còn các trường hợp khác như phát triển kinh tế thì phải trưng mua. Từ phân tích đó, các đại biểu đề nghị nên sửa khoản 3 Điều 58 thành “Nhà nước thu hồi đất do tổ chức, cá nhân sử dụng có bồi thường theo quy định của pháp luật trong trường hợp thật cần thiết vì lý do quốc phòng, an ninh hoặc vì lợi ích quốc gia, lợi ích công cộng; trưng mua quyền sử dụng đất của các tổ chức, cá nhân để thực hiện các dự án phát triển kinh tế - xã hội”...