- Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam được thành lập và hoạt động theo Quyết định số 82/2002/QĐ-TTg ngày 26 tháng 6 năm 2002 và Quyết định số 35/2008/QĐ-TTg ngày 03 tháng 3 năm 2008 của Thủ tướng Chính phủ trước đây và từ ngày 25 tháng 3 năm 2014 là Quyết định số 02/2014/QĐ-TTg  ngày 13 tháng 01 năm 2014 của Thủ tướng Chính phủ quy định về tổ chức và hoạt động của Quỹ Bảo vệ môi trường Việt Nam. Hiện trên cả nước đã có 33 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thành lập Quỹ Bảo vệ môi trường địa phương. Bộ Tài nguyên và Môi trường  đã giao các đơn vị trực thuộc Bộ thực hiện và phối hợp với các Bộ, ngành liên quan xây dựng các văn bản hướng dẫn về tổ chức và hoạt động của Quỹ bảo vệ môi trường của ngành, lĩnh vực, địa phương để trình cấp có thẩm quyền ban hành trong thời gian sớm nhất.

- Về quy định đối với kinh phí thẩm định đề án cải tạo, phục hồi môi trường: Trong quá trình xây dựng dự thảo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ về cải tạo, phục hồi môi trường và ký quỹ cải tạo, phục hồi môi trường đối với hoạt động khai thác khoáng sản, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã đề xuất nội dung về chế độ thu nộp, quản lý, sử dụng tiền sử dụng phí thẩm định, kiểm tra, xác nhận hoàn thành nội dung đề án cải tạo, phục hồi môi trường đối với hoạt động khai thác khoáng sản. Tuy nhiên, theo Danh mục phí, lệ phí ban hành kèm theo Pháp lệnh phí và lệ phí và Danh mục chi tiết phí, lệ phí ban hành kèm theo Nghị định số 24/2006/NĐ-CP ngày 06/3/2006 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Pháp lệnh phí và lệ phí thì không có tên loại phí này. Ngoài ra, Luật khoáng sản cũng không có nội dung quy định việc thu, nộp, quản lý, sử dụng phí thẩm định, kiểm tra, xác nhận hoàn thành nội dung đề án cải tạo, phục hồi môi trường đối với hoạt động khai thác khoáng sản. Do đó, hiện chưa có cơ sở pháp lý để hướng dẫn thu nộp, quản lý, sử dụng khoản phí này.

Theo chương trình xây dựng Luật, Pháp lệnh của Quốc hội Khóa XIII thì Bộ Tài chính sẽ báo cáo Chính phủ trình Quốc hội Luật phí và lệ phí. Trong quá trình xây dựng Luật phí và lệ phí, Bộ Tài nguyên và Môi trường sẽ phối hợp chặt chẽ với Bộ Tài chính và các đơn vị liên quan báo cáo Chính phủ trình Quốc hội đưa phí thẩm định đề án cải tạo phục hồi môi trường đối với hoạt động khai thác khoáng sản vào Danh mục phí, lệ phí.

- Về quy định đối với kinh phí thẩm định đề án bảo vệ môi trường chi tiết: Theo phân công nhiệm vụ của Chính phủ, việc xây dựng văn bản quy định mức thu, chế độ thu, nộp phí và quản lý sử dụng phí thẩm định đối với đề án bảo vệ môi trường chi tiết và đơn giản do Bộ Tài chính chủ trì.

Liên quan đến vấn đề này, sau khi Nghị định số 29/2011/NĐ-CP ngày 18 tháng 4 năm 2011 của Chính phủ quy định về đánh giá môi trường chiến lược, đánh giá tác động môi trường, cam kết bảo vệ môi trường được Chính phủ ban hành, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã có Văn bản số 4272/BTNMT-TCMT ngày 15 tháng 11 năm 2011 gửi Bộ Tài chính về việc lấy ý kiến áp dụng kinh phí thẩm định cho đề án bảo vệ môi trường.

- Về chi phí lập báo cáo đánh giá tác động môi trường, cam kết bảo vệ môi trường: Theo quy định tại Điều 37, Nghị định số 29/2011/NĐ-CP ngày 18 tháng 4 năm 2011 của Chính phủ, kinh phí lập báo cáo đánh giá tác động môi trường, cam kết bảo vệ môi trường được bố trí từ nguồn vốn đầu tư của chủ dự án, hiện Bộ Tài nguyên và Môi trường đang xem xét việc xây dựng văn bản hướng dẫn đối với dự án đầu tư sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước.