Cây hồ tiêu là cây trồng rất mẫn cảm với sâu bệnh. Hiện tượng cây hồ tiêu chết hàng loạt thường là bệnh chết nhanh, chết chậm gây nên. Bệnh chết nhanh do nấm Phytophthora capsicigây ra, bệnh chết chậm do nấm tập đoàn nấm Fusarium solani, Pythium spp, Lasiodiplodia theobromae, Phytophthora sp Rhizoctonia solani, Rosellia spp... gây ra. Các loài nấm này tồn tại trong đất, phát sinh và gây hại rễ hồ tiêu nghiêm trọng. Đây là những loài dịch hại rất khó phòng trừ.

Đối với bệnh hại trên cây hồ tiêu việc phòng bệnh là chính, trị bệnh phải kịp thời, nếu để bệnh đã thể hiện rõ triệu chứng thì phải áp dụng biện pháp nhổ bỏ và tiêu huỷ cây bệnh. Biện pháp quan trọng nhất là áp dụng biện pháp phòng trừ tổng hợp trong đó đặc biệt chú trọng đến biện pháp canh tác. Ngày 13/7/2010 Cục Bảo vệ thực vật đã ra công văn số 1100/BVTV-CV ban hành Quy trình ỹ thuật phòng trừ một số dịch hại chính trên cây hồ tiêu để các tỉnh hướng dẫn nông dân phòng trừ bệnh.

Để đáp ứng yêu cầu về thuốc trừ dịch hại đối với bệnh chết nhanh và chết chậm trên cây hồ tiêu, từ năm 2007 Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn đã ban hành Quyết định 94/2007/QĐ-BNN về việc bổ sung một số loại thuốc bảo vệ thực vật vào danh mục thuốc bảo vệ thực vật được phép sử dụng ở Việt Nam để trừ bệnh chết nhanh, chết chậm và tuyến trùng hại hồ tiêu.

Tuy nhiên việc sử dụng thuốc bảo vệ thực vật hoá học trong bảo vệ thực vật, nhất là các thuốc phổ rộng, sử dụng trong thời gian dài đều mang lại các hậu quả không mong muốn, có nguy cơ để lại dư lượng gây mất an toàn thực phẩm; Hồ tiêu Việt Nam rất có giá trị và có uy tín trên thị trường thế giới. Các nước nhập khẩu hồ tiêu của Việt Nam  đang đưa ra yêu cầu ngày càng cao hơn về an toàn thực phẩm có liên quan đến dư lượng thuốc BVTV.

Để hạn chế tác hại của dịch hại trên cây hồ tiêu, Cục Bảo vệ thực vật đã phối hợp với các Chi cục Bảo vệ thực vật các tỉnh Quảng Trị, Quảng Nam, Bình Phước xây dựng một số mô hình phòng trừ tổng hợp sâu bệnh hại hồ tiêu, tổ chức hội nghị chuyên đề về công tác bảo vệ thực vật trên cây hồ tiêu. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn khuyến cáo nông dân sử dụng chế phẩm sinh học, chế phẩm có nguồn gốc sinh học, thảo mộc để trừ sâu hại lá, thân, gốc rễ như các chế phẩm nấm Beauveria, Metarhizium,... Sử dụng chế phẩm nấm Trichoderma để hạn chế bệnh có nguồn gốc từ trong đất.

 Các Viện nghiên cứu chuyên ngành đã phối hợp với các tỉnh trồng hồ tiêu triển khai nhiều đề tài nghiên cứu và ứng dụng các giải pháp kỹ thuật canh tác và quản lý tổng hợp một số sâu bệnh hại chủ yếu trên cây hồ tiêu đã thu được những kết quả tốt. Đề nghị UBND tỉnh chỉ đạo Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tỉnh Gia Lai tăng cường tuyên truyền, hướng dẫn cho nông dân áp dụng đúng và đầy đủ biện pháp phòng trừ tổng hợp để hạn chế tối đa thiệt hại do bệnh gây ra.