Theo quy định tại Thông tư số 150/2009/TTLT/BTC-BQP ngày 22/07/2009 sửa đổi, bổ sung Thông tư liên tịch số 43/2005/TTLT/BTC-BQP ngày 02/06/2005 hướng dẫn thực hiện chính sách thuế và thu Ngân sách Nhà nước đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hoá, dịch vụ của các đơn vị thuộc Bộ Quốc phòng thì: “Trong kỳ kế hoạch mỗi quý một lần, các công ty quốc phòng có phát sinh thu nhập từ hoạt động sản xuất và cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ khác từ xác định số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp và nộp về tài khoản của Bộ Quốc phòng mở tại Kho bạc Nhà nước thành phố Hà Nội. Cuối năm, các công ty quốc phòng thực hiện quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động sản xuất và cung ứng sản phẩm, dịch vụ công ích và thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động sản xuất, kinh doanh sản phẩm, hàng hóa, dịch vụ khác với Bộ Quốc phòng theo đúng chế độ quy định. Trên cơ sở quyết toán của các công ty quốc phòng, Bộ Quốc phòng xác định số nộp chính thức của các công ty quốc phòng và nộp vào Ngân sách Nhà nước. Sau khi nộp thuế TNDN của các Công ty Quốc phòng theo quyết toán, Bộ Quốc phòng gửi Bộ Tài chính số nộp của Công ty Quốc phòng ở từng địa phương để thực hiện việc phân cấp, quản lý, sử dụng nguồn thu được thực hiện theo quy định của Luật Ngân sách Nhà nước.”

Tuy nhiên trong quá trình thực hiện, Cục Tài chính - Bộ Quốc phòng đã nộp thuế TNDN từ năm 2009 và một phần số thuế TNDN tạm nộp của năm 2012  tại Sở giao dịch Kho bạc Nhà nước trung ương và số thuế TNDN này đã được hạch toán vào ngân sách nhà nước (NSNN) trung ương. Tổng cục Thuế đã căn cứ chứng từ nộp NSNN do Sở giao dịch Kho bạc Nhà nước trung ương cung cấp và danh sách phân bổ số thuế đã nộp đối với từng công ty quốc phòng do Cục Tài chính - Bộ Quốc Phòng cung cấp, thông báo cho các Cục Thuế thực hiện hạch toán và lập báo cáo thu nội địa theo địa bàn.

Để giải quyết vướng mắc nêu trên, ngày 03/12/2013  Bộ Tài chính đã có công văn số 16741/BTC-TCT về việc thực hiện nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các công ty quốc phòng trong đó hướng dẫn Cục Tài chính - Bộ Quốc phòng lập chứng từ nộp tiền thuế thu nhập doanh nghiệp của các công ty quốc phòng có trụ sở trên cùng địa bàn tỉnh/thành phố trực thuộc trung ương cho từng Kho bạc Nhà nước tỉnh/thành phố. Trong tháng 12 năm 2013, Cục Tài chính- Bộ Quốc phòng cũng đã nộp thuế thu nhập doanh nghiệp số quyết toán năm 2012 và tạm nộp năm 2013 theo hướng dẫn của công văn trên. Số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp đã nộp tại địa bàn tỉnh Gia Lai là: số còn phải nộp theo quyết toán năm 2012 là 2.826.094.134 đồng và số tạm nộp năm 2013 là 14.000.000.000 đồng.

Đối với số thuế TNDN Bộ Quốc phòng đã nộp tại Sở giao dịch Kho bạc Nhà nước năm 2011, 2012  đến thời điểm thực hiện theo công văn số 16741/BTC-TCT: Bộ Tài chính bổ sung có mục tiêu năm 2013 từ ngân sách Trung ương cho ngân sách địa phương để hoàn trả số thuế Thu nhập doanh nghiệp điều tiết chưa đúng quy định năm 2011, 2012. Các địa phương thực hiện rút dự toán tại Kho bạc Nhà nước theo quy định tại Thông tư số 222/2012/TT-BTC ngày 24/12/2012 của Bộ Tài chính quy định về tổ chức thực hiện dự toán ngân sách nhà nước năm 2013 (trong đó có tỉnh Gia Lai).