Việc đảm bảo nhu cầu nước cho phát triển kinh tế - xã hội và dân sinh vùng hạ du lưu vực sông Ba là hết sức quan trọng. Chính vì vậy, trong thời gian qua, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã phối hợp với các địa phương, Bộ, ngành liên quan tập trung giải quyết những vấn đề liên quan đến việc khai thác, sử dụng tài nguyên nước của công trình thủy điện An Khê - Ka Nak, nhất là việc đảm bảo nguồn nước cho sản xuất, sinh hoạt, đời sống của nhân dân hạ du hồ thủy điện An Khê thuộc địa bàn tỉnh Gia Lai như: yêu cầu Nhà máy thủy điện An Khê - Ka Nak, trước mắt phải đảm bảo duy trì xả thường xuyên, liên tục xuống sau đập An Khê tối thiểu là 4m³/s trong suốt mùa khô; đồng thời, phối hợp chặt chẽ với chính quyền địa phương trong quá trình vận hành để điều chỉnh lưu lượng xả nước phù hợp, đảm bảo nhu cầu dùng nước của nhân dân ở hạ du; lắp đặt hệ thống giám sát tự động để giám sát thường xuyên, liên tục lưu lượng xả sau đập.

Đồng thời, nhằm khai thác, sử dụng tổng hợp, hiệu quả nguồn nước trên lưu vực sông Ba nói chung, nguồn nước của cụm hồ An Khê - Ka Nak nói riêng, trên cơ sở nguyên tắc, thứ tự ưu tiên vận hành các hồ chứa trong mùa cạn là phải đảm bảo nhu cầu sử dụng nước tối thiểu ở hạ du và đảm bảo hiệu quả phát điện; kết quả nghiên cứu, phân tích các yêu cầu sử dụng nước cho đời sống, sản xuất của nhân dân vùng hạ du trong từng thời kỳ cụ thể; đặc điểm nguồn nước và thực trạng các hồ chứa trên lưu vực... Bộ Tài nguyên và Môi trường đã xây dựng các phương án phối hợp vận hành hồ, lấy ý kiến các Bộ, ngành, địa phương, cơ quan, đơn vị liên quan, hoàn chỉnh và trình Thủ tướng Chính phủ dự thảo Quy trình vận hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Ba (Tờ trình số 87/TTr-BTMT ngày 04 tháng 9 năm 2013 và Tờ trình số 05/TTr-BTMT ngày 21 tháng 01 năm 2014), trong đó có cụm hồ An Khê - Ka Nak. Theo đó, cụm hồ An Khê - Ka Nak có nhiệm vụ đảm bảo nhu cầu dùng nước phía hạ du đập An Khê, đoạn từ sau đập An Khê đến thị trấn Krông Chro, cụ thể như sau: khi nhu cầu sử dụng nước gia tăng, hồ An Khê phải xả nước liên tục về hạ du sông Ba với lưu lượng không nhỏ hơn 6 m³/s hoặc 8 m³/s tùy thuộc lưu lượng đến hồ Ka Nak; khi nhu cầu sử dụng nước thấp hoặc vào thời gian ban đêm, hồ An Khê phải xả nước liên tục với lưu lượng không nhỏ hơn 4 m³/s. Quy định này phù hợp với yêu cầu sử dụng nước ở đoạn sông Ba sau đập An Khê (hiện tại khoảng 0,5 m³/s), bảo đảm duy trì dòng sông, đồng thời tổn thất điện năng ở mức có thể chấp nhận được, bảo đảm nguyên tắc hài hòa giữa nhiệm vụ cấp nước cho hạ du với nhiệm vụ phát điện.