Theo quy định của Luật An toàn thực phẩm (tại Điều 62, Điều 63, Điều 64) đã quy định trách nhiệm quản lý An toàn thực phẩm của các Bộ, cụ thể:

- Bộ Y tế: quản lý ATTP trong suốt quá trình sản xuất, sơ chế, chế biến, bảo quản, vận chuyển, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh đối với phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm, nước uống đóng chai, nước khoáng thiên nhiên, thực phẩm chức năng và các thực phẩm khác theo quy định của Chính phủ; Quản lý ATTP đối với dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm trong quá trình sản xuất, chế biến, kinh doanh thực phẩm thuộc lĩnh vực được phân công quản lý.

- Bộ Nông Nghiệp và Phát triển nông thôn: quản lý ATTP trong suốt quá trình sản xuất, thu gom, giết mổ, sơ chế, chế biến, bảo quản, vận chuyển, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh đối với ngũ cốc, thịt và các sản phẩm từ thịt, thủy sản và sản phẩm thủy sản, rau, củ, quả và sản phẩm rau, củ, quả, trứng và các sản phẩm từ trứng, sữa tươi nguyên liệu, mật ong và các sản phẩm từ mật ong, thực phẩm biến đổi gen, muối và các nông sản thực phẩm khác theo quy định của Chính phủ; Quản lý ATTP đối với dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm trong quá trình sản xuất, chế biến, kinh doanh thực phẩm thuộc lĩnh vực được phân công quản lý.

- Bộ Công Thương: quản lý ATTP trong suốt quá trình sản xuất, chế biến, bảo quản, vận chuyển, xuất khẩu, nhập khẩu, kinh doanh đối với các loại rượu, bia, nước giải khát, sữa chế biến, dầu thực vật, sản phẩm chế biến bột và tinh bột và các thực phẩm khác theo quy định của Chính phủ; Quản lý ATTP đối với dụng cụ, vật liệu bao gói, chứa đựng thực phẩm trong quá trình sản xuất, chế biến, kinh doanh thực phẩm thuộc lĩnh vực được phân công quản lý

Việc quản lý ATTP đối với phòng chống buôn lậu gia cầm, gian lận thương mại thuộc Ban chỉ đạo 127 các cấp  từ Trung ương đến địa phương (Bộ Công Thương là cơ quan thường trực); kiểm soát ATTP đối với thực phẩm, rau củ được bày bán trên thị trường thuộc trách nhiệm của Bộ Nông Nghiệp và phát triển Nông thôn. Hiện nay Bộ Y tế đang phối hợp chặt chẽ với các ngành chức năng thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Công thương để kiểm soát chặt chẽ các mặt hàng rau củ quả nhập khẩu từ Trung Quốc, cụ thể:

- Giám sát tại cửa khẩu, địa bàn biên giới để phát hiện những sản phẩm mới, sản phẩm có nguồn gốc nước ngoài, lấy mẫu, kiểm nghiệm ATTP và cảnh báo kịp thời cho các cơ quan chức năng xử lý đối với sản phẩm không bảo đảm ATTP.

- Khi có thông tin cảnh báo từ nước ngoài, Bộ Y tế (Cục An toàn thực phẩm) phối hợp với các cơ quan chức năng liên quan, lấy mẫu, thông báo kết quả các chỉ tiêu ATTP, cảnh báo các cơ quan chức năng xử lý vi phạm theo quy định pháp luật.

- Phối hợp thanh tra, kiểm tra liên ngành về ATTP trong kiểm soát thực phẩm nhập lậu và kinh doanh thực phẩm không có nguồn gốc trên thị trường toàn quốc.