Căn cứ Nghị quyết số 1002/2010/NQ-UBTVQH12 ngày 19/11/2010 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về tỷ lệ phân chia các khoản thu phân chia giữa ngân sách trung ương và ngân sách từng tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương từ năm 2011, tỉnh Quảng Ngãi có tỷ lệ điều tiết các khoản thu phân chia về ngân sách trung ương là 39%. Đối với khoản thuế GTGT phát sinh từ nhà máy lọc dầu Dung Quất theo Hiệp định mới chuyển thu từ hoạt động xuất khẩu sang thu nội địa, xác định là khoản thu ngân sách trung ương hưởng 100%.

Theo cơ chế chung, các địa phương có tỷ lệ điều tiết các khoản thu phân chia về ngân sách trung ương dưới 50%, ngân sách Trung ương hỗ trợ 50% nhu cầu kinh phí tăng thêm để thực hiện các chính sách an sinh xã hội. Tuy nhiên, do tỉnh Quảng Ngãi có 06 huyện nghèo thuộc Chương trình 30a, tỷ lệ hộ nghèo cao; vì vậy, Bộ Tài chính đã trình Thủ tướng Chính phủ đồng ý cho tỉnh Quảng Ngãi được hưởng cơ chế ngân sách trung ương hỗ trợ 100% nhu cầu kinh phí tăng thêm để thực hiện các chính sách an sinh xã hội như các địa phương chưa tự cân đối được ngân sách. Đồng thời, để tạo điều kiện cho tỉnh phát triển kinh tế xã hội, giảm nghèo nhanh và bền vững, hàng năm ngân sách trung ương bổ sung có mục tiêu cho tỉnh để thực hiện các dự án, công trình trọng điểm (như: dự toán năm 2013 là 368,649 tỷ đồng, năm 2014 là 592,6 tỷ đồng).

Về việc phân chia nguồn thu thuế GTGT các sản phẩm đầu ra của Nhà máy lọc dầu Dung quất: Theo quy định của Luật NSNN hiện hành, thời kỳ ổn định ngân sách từ 3 – 5 năm. Năm 2011 là năm đầu của thời kỳ ổn định ngân sách (2011-2015), do đó, tỷ lệ điều tiết các khoản thu phân chia giữa ngân sách trung ương và ngân sách địa phương theo Nghị quyết số 1002/2010/NQ-UBTVQH12 ngày 19/11/2010 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội về tỷ lệ phân chia các khoản thu phân chia giữa ngân sách trung ương và ngân sách từng tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương từ năm 2011 sẽ được ổn định đến năm 2015. Vì vậy, cơ chế tài chính từ nguồn thu nhà máy lọc dầu Dung Quất đề nghị thực hiện theo đúng quy định của Luật Ngân sách nhà nước. Đối với nguồn vốn để thực hiện các công trình quan trọng, thật sự cấp bách như hạ tầng khu kinh tế Dung Quất, huyện đảo Lý Sơn, hỗ trợ huyện nghèo,..,ngân sách trung ương sẽ xem xét bổ sung có mục tiêu cho Tỉnh để thực hiện. Bộ Tài chính ghi nhận và sẽ xem xét việc phân chia nguồn thu giữa ngân sách trung ương và ngân sách địa phương khi xác định phân cấp ngân sách thời kỳ ổn định ngân sách giai đoạn 2016-2020 theo quy định của luật NSNN.