Căn cứ Quyết định số 2406/QĐ-TTg ngày 18/12/2011 của Thủ tướng Chính phủ về việc ban hành danh mục các Chương trình mục tiêu quốc gia giai đoạn 2012 - 2015 và các Quyết định của Thủ tướng Chính phủ phê duyệt từng Chương trình mục tiêu quốc gia, Bộ Tài chính đã phối hợp với Bộ quản lý Chương trình mục tiêu quốc gia ban hành các thông tư hướng dẫn cơ chế tài chính trong đó có thông tư hướng dẫn cơ chế tài chính của các Chương trình mục tiêu quốc gia nêu tại kiến nghị của cử tri tỉnh Sơn La, cụ thể như sau:

- Thông tư liên tịch số 04/2013/TTLT/BNNPTNT-BTC-BKHĐT ngày 16/01/2013 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, Bộ Tài chính, Bộ Kế hoạch và Đầu tư hướng dẫn chế độ quản lý, sử dụng kinh phí ngân sách nhà nước chi cho Chương trình mục tiêu quốc gia nước sạch và vệ sinh môi trường nông thôn giai đoạn 2012 - 2015;

 - Thông tư liên tịch số 68/2013/TTLT-BTC-BLĐTBXH ngày 21/5/2013 của Bộ Tài chính, Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội quy định quản lý và sử dụng kinh phí thực hiện Dự án 3 và Dự án 4 của Chương trình mục tiêu quốc gia giảm nghèo bền vững giai đoạn 2012 - 2015;

- Thông tư liên tịch số 102/2013/TTLT/BTC-BLĐTBXH ngày 30/7/2013 của Bộ Tài chính, Bộ Lao động - Thương binh và Xã hội quy định quản lý và sử dụng nguồn vốn sự nghiệp thực hiện một số dự án của Chương trình mục tiêu quốc gia việc làm và dạy nghề giai đoạn 2012 - 2015;

- Thông tư liên tịch số 113/2013/TTLT/BTC-BYT ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính, Bộ Y tế quy định quản lý và sử dụng kinh phí thực hiện Chương trình về y tế giai đoạn 2012 - 2015;

-  Thông tư liên tịch số 40/2013/TTLT/BTC-BGDĐT ngày 10/4/2013 của Bộ Tài chính, Bộ Giáo dục và Đào tạo  hướng dẫn quản lý, sử dụng kinh phí thực hiện Chương trình mục tiệu quốc gia giáo dục và đào tạo giai đoạn 2012 - 2015.