Theo phân công của Chính phủ, Bộ Công Thương chủ trì quản lý nhà nước về phân bón vô cơ, Bộ Nông nghiệp & PTNT quản lý nhà nước về phân bón hữu cơ. Do đó việc nhập lậu các loại phân bón vào Việt Nam đã xảy ra đúng như phán ánh của cử tri, mặc dù có sự kiểm soát của các lực lượng Quản lý thị trường, Ban chỉ đạo 127 kiểm tra liên ngành vật tư nông nghiệp, các tố chức thanh tra, kiểm tra, nhưng tình trạng vẫn còn tái diễn.
De thực hiện trách nhiệm của mình và chấn chỉnh tỉnh trạng nhập lậu phân bón vào Việt Nam, Bộ Công Thương chú trì phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng Dự thảo đề án trình Chính phủ về việc chống buôn lậu, sản xuất kinh doanh phân bón giả, phân bón kém chất lượng từ tháng 12 năm
Hàng năm Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đều ban hành các Danh mục bổ sung Phân bón được phép sản xuất, kinh doanh ở Việt Nam nham tạo điều kiện thuận lợi cho các tố chức, cá nhân sản xuất, xuất nhập khấu và kinh doanh phân bón, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã ban hành được 27 Danh mục, trong đó có 16 Danh mục đang còn hiệu lực lưu hành. Riêng trong năm 2013 Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện rà soát chấn chỉnh việc khảo nrghiệm và ban hành Danh mục phân bón, do vậy chưa ban hành được Danh mục bố sung phân bón mói được phép sản xuất, kinh doanh ở Việt Nam.
Ngày 27 tháng 11 năm 2013 Chính phủ ban hành Nghị định số 202/2013/NĐ-CP về quản lý phân bón, Nghị định có hiệu lực từ ngày 01/02/2014 và thay thế các Nghị định số 1 13/2003/NĐ-CP ngày 07 tháng 10 năm 2003 và Nghị định số 191/2007/NĐ-CP ngày 31 tháng 12 năm 2007 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 113/2003/NĐ-CP ngày 07 tháng 10 năm 2003 về quản lý sản xuất, kinh doanh phân bón. Theo quy định của Nghị định này, sản xuất phân bón là lĩnh vực sản xuất có điều kiện, việc quản lý chất lượng phân bón theo Quy chuẩn, tiêu chuẩn mà không quản lý theo hình thức Danh mục như hiện nay.
Để thực hiện hiệu quả các biện pháp quản lý cần có sự phối họp đồng bộ và quyết liệt eiữa các bộ ngành, nhất là sự quan tâm chỉ đạo thường xuyên của chính quyền địa phương các cấp.