Để kiểm soát an toàn thực phẩm nhập khẩu  theo quy định của Luật An toàn thực phẩm và thông lệ quốc tế,Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã ban hành Thông tư số 25/2010/TT-BNNPTNT hướng dẫn kiểm tra an toàn thực phẩm hàng hóa có nguồn gốc động vật nhập khẩu và Thông tư số 13/2011/TT-BNNPTNT hướng dẫn kiểm tra ATTP hàng hóa có nguồn gốc thực vật nhập khẩu. Các văn bản này đã quy định chặt chẽ trong việc kiểm soát hàng nhập khẩu theo 3 bước (đăng ký kiểm tra tại nước xuất khẩu (kiểm tra từ gốc); kiểm tra lô hàng tại cửa khẩu và kiểm tra hàng hóa nhập khẩu lưu thông trên thị trường).

Tại cửa khẩu, cơ quan của Cục Thú y (đối với sản phẩm động vật), Cục Bảo vệ thực vật (đối với sản phẩm thực vật) chịu trách nhiệm kiểm tra từng lô hàng nhập khẩu.

Các đơn vị kiểm dịch thực vật của Cục BVTV đóng tại tất cả các cửa khẩu, bến cảng, sân bay Quốc tế thực hiện kiểm tra ATTP thường xuyên, liên tục theo quy định. Đặc biệt, các loại rau, củ, quả tươi từ Trung Quốc nhập vào Việt Nam với số lượng lớn là những loại thực phẩm có nguy cơ cao mất ATTP luôn được kiểm soát chặt chẽ. Các lô hàng đáp ứng quy định của Thông tư  nói trên mới được cấp giấy chứng nhận đã kiểm tra ATTP và mới được nhập khẩu vào Việt Nam. Cục BVTV đã phát hiện và xử lý theo quy định nhiều lô hàng vi phạm và thông tin rộng rãi kết quả kiểm tra trên các phương tiện thông tin đại chúng. Năng lực cán bộ làm công tác kiểm định dư lượng thuốc BVTV và trang thiết bị, máy móc phân tích của các phòng thử nghiệm trong nước khá tốt để thực hiện công tác kiểm tra ATTP nhập khẩu. Các loại rau, củ, quả tươi nhập từ Trung Quốc vào Việt Nam hiện chủ yếu đi theo chính ngạch, vì vậy việc kiểm tra ATTP đang được thực hiện thuận lợi.

Tuy nhiên, trong thời gian qua, có một số số trường hợp nhập lậu vào nội địa chưa được các cơ quan chức năng kiểm soát hiệu quả tại cửa khẩu dẫn đến sản phẩm  được đưa vào lưu thông sâu trong nội địa và khi phát hiện rất khó xử lý và ngay việc tịch thu tiêu hủy cũng phức tạp và tốn kinh phí. Một số trường hợp nhập khẩu theo diện tiểu ngạch cũng là khó khăn và thách thức cho các cơ quan chức năng kiểm soát đối với nước láng giềng Trung Quốc.

Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã ký thỏa thuận hợp tác với cơ quan thẩm quyền Trung Quốc để tăng cường kiểm soát và phối hợp trong triển khai để kiểm soát an toàn thực phẩm sản phẩm từ Trung Quốc vào Việt Nam.

Thời gian tới, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tiếp tục chỉ đạo các cơ quan chức năng tăng cường công tác kiểm soát chất lượng, an toàn thực phẩm nhập khẩu và xử lý nghiêm các trường hợp vi phạm theo quy định, đồng thời thông báo đến cơ quan thẩm quyền Trung Quốc các trường hợp vi phạm để điều tra nguyên nhân, có biện pháp khắc phục; trường hợp vi phạm nghiêm trọng đình chỉ doanh nghiệp vi phạm không được phép xuất khẩu vào Việt Nam.

Về cá tầm tràn lan trên thị trường Việt Nam.

- Thực hiện ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Thiện Nhân liên quan đến bài báo “Thủy sản Trung Quốc ngập chợ” của tác giả Văn Duẩn đăng trên báo Người lao động, trong đó có cá Tầm Trung Quốc nhập lậu vào Việt Nam, Tổng cục Thủy sản đã tiến hành kiểm tra, xử lý theo thẩm quyền và trình Bộ trưởng báo cáo số 2825/BC-BNN-TCTS ngày 22/8/2013 (gửi Thủ tướng Chính phủ). Báo cáo của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn với Thủ tướng Chính phủ việc thực hiện các giải pháp theo thẩm quyền, trách nhiệm của Bộ để quản lý giống thủy sản nhập khẩu nói chung và giống cá tầm nói riêng. Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cũng kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo các Bộ ngành có liên quan và Ban chỉ đạo 127 trung ương, Ban chỉ đạo 127 các tỉnh phía Bắc tăng cường kiểm tra, kiểm soát, chống buôn lậu đối với các mặt hàng thủy sản, trong đó có cá tầm.

- Năm 2014 Tổng cục Thủy sản tiếp tục thực hiện các giải pháp quản lý cơ sở nuôi cá nước lạnh (cá hồi, cá tầm), trong đó có việc tiếp tục phối hợp trong việc triển khai thi hành Thông tư số 03/2011/TT-BNNPTNT quy định về truy xuất nguồn gốc và thu hồi sản phẩm không đảm bảo chất lượng, an toàn thức phẩm trong lĩnh vực thủy sản.