1. Về vấn đề điều chỉnh tiêu chí: Sau một thời gian triển khai thí điểm Bộ tiêu chí quốc gia về nông thôn mới tại các xã điểm (do Ban Bí thư Trung ương chỉ đạo) và sau gần ba năm triển khai Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới, căn cứ vào thực tiễn và đề xuất của nhiều địa phương trong cả nước, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đã trình Thủ tướng Chính Phủ sửa đổi một số tiêu chí nông thôn thôn mới và ngày 20/2/2013, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 342/QĐ-TTg sửa đổi 5 tiêu chí trong Bộ tiêu chí quốc gia về nông thôn mới. Đồng thời, ngày 4/10/2013, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành Thông tư số 41/2013/TT-BNNPTNT về hướng dẫn thực hiện Bộ tiêu chí quốc gia về nông thôn mới thay thế cho Thông tư số 54/2013/TT-BNNPTNT về hướng dẫn sửa đổi Bộ tiêu chí quốc gia về nông thôn mới ban hành ngày 21/8/2009. Trong Thông tư số 41/2013/TT-BNNPTNT đã nêu rõ trong quá trình tổ chức thực hiện nếu có vấn đề phát sinh hoặc khó khăn vướng mắc các địa phương phản ánh về Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn để kịp thời bổ sung, sửa đổi. Các trường hợp đặc thù nhất là các vùng miền núi, vùng sâu, vùng xa, vùng đồng bào dân tộc thiểu số gặp nhiều khó khăn thì Ủy ban nhân dân cấp tỉnh có văn bản báo cáo về Ban Chỉ đạo Trung ương Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới xem xét, quyết định.
2. Về vấn đề huy động nguồn lực và hỗ trợ ngân sách cho Chương trình mục tiêu xây dựng nông thôn mới đặc biệt giao thông nông thôn và cơ sở vật chất thiết yếu cho vùng nông thôn vùng sâu, vùng xa: Trong thời gian qua, Chính phủ đã có nhiều chính sách và cơ chế để huy động các nguồn lực (đặc biệt là nguồn vốn ODA từ các nhà tài trợ quốc tế) để ưu tiên tập trung cho các dự án đầu tư cơ sở hạ tầng phục vụ cho ngành nông nghiệp. Đối với với Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới, tại Kỳ họp thứ 6, ngày 28/11/2013, Quốc hội khóa XIII đã thông qua Nghị quyết số 65/2013/QH13 về phát hành bổ sung và phân bổ vốn trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2014-2016, trong đó có bổ sung cho Chương trình MTQG xây dựng nông thôn mới là 15.000 tỷ đồng (bình quân 5.000 tỷ đồng/năm, tăng gấp 3 lần so với giai đoạn 2011 – 2013) để đầu tư cơ sở hạ tầng cho các xã theo đúng mục tiêu của Chương trình đã được phê duyệt. Ngày 25/1/2014, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 195/QĐ-TTg về việc giao kế hoạch vốn trái phiếu Chính Phủ năm 2014 cho các địa phương để thực hiện Chương trình MTQG về xây dựng nông thôn mới.
3. Về vấn đề huy động sự đóng góp của nhân dân cần lưu ý: Chính quyền địa phương ( tỉnh, huyện, xã) không quy định bắt buộc nhân dân đóng góp, xây dựng cơ sở hạ tầng kinh tế - xã hội của địa phương. Nhân dân trong xã bàn bạc mức tự nguyện đóng góp cụ thể cho từng dự án.