Từ năm 2001 đến nay, Danh mục thuốc BHYT liên tục được rà soát, sửa đổi, bổ sung (06 lần) nhằm đáp ứng ngày càng tốt hơn, đầy đủ hơn yêu cầu chuyên môn cũng như nhu cầu về thuốc của người bệnh nói chung và người bệnh có thẻ bảo hiểm y tế nói riêng, đặc biệt đối với người nghèo, đối tượng chính sách, trẻ em dưới 6 tuổi….
Sau khi Luật Bảo hiểm y tế có hiệu lực, Bộ Y tế đã ban hành Danh mục thuốc theo Thông tư số 31/2011/TT-BYT ngày 11/7/2011và Thông tư số 12/2010/TT-BYT ngày 29/4/2010 thay thế danh mục thuốc ban hành kèm theo Quyết định số 05/2008/QĐ-BYT ngày 01/02/2008, baogồm 900 hoạt chất thuốc tân dược (tăng 150 hoạt chất), trong đó có 57 hoạt chất thuốc điều trị ung thư; 57 thuốc phóng xạ và hợp chất đánh dấu; 127 chế phẩm YHCT (tăng 32 chế phẩm), 300 vị thuốc y học cổ truyền (tăng 63 vị thuốc). Danh mục thuốc này rất phong phú, đa dạng về chủng loại và số lượng thuốc ung thư, kháng sinh, tim mạch, mắt, tai mũi họng, da liễu, chống virus, lao, tâm thần, vitamin, dịch truyền, cảm cúm... để các bác sĩ có sự lựa chọn thuốc điều trị cho người bệnh phù hợp với tính chất chuyên môn, phù hợp với tuyến điều trị.
Riêng đối với Trạm Y tế tuyến xã được sử dụng tới 350 loại thuốc tân dược, cả thuốc tiêm và thuốc uống; sử dụng tất cả các chế phẩm thuốc y học cổ truyền và vị thuốc y học cổ truyền có trong Danh mục, đủ để đáp ứng nhu cầu điều trị tại tuyến xã. Đồng thời không có sự phân biệt sử dụng thuốc tại Trạm Y tế có bác sỹ và không có bác sỹ.
Ngoài ra, Quỹ BHYT còn thanh toán 50% chi phí thuốc điều trị ung thư, thuốc chống thải ghép ngoài Danh mục thuốc quy định nhưng được phép lưu hành tại Việt Nam thuộc phạm vi quyền lợi được hưởng cho các đối tượng tham gia BHYT đủ điều kiện theo quy định tại khoản 4 Điều 7 Thông tư liên tịch số 09/2009/TTLT-BYT-BTC ngày 14/8/2009. Quy định này giúp giảm gánh nặng tài chính, tăng khả năng tiếp cận điều trị cho đối tượng bệnh nhân ung thư, bệnh nhân ghép tạng.
Có thể nói, Việt Nam là một trong số ít các nước trên thế giới có một danh mục thuốc tương đối đầy đủ, toàn diện và mở rộng so với mức phí đóng của người tham gia bảo hiểm y tế.
Hiện nay, Bộ Y tế đang rà soát, sửa đổi, bổ sung Danh mục thuốc này với mục tiêu mở rộng tuyến sử dụng tới các bệnh viện tuyến dưới, đặc biệt là bệnh viện tuyến huyện và tuyến xã góp phần giảm tải cho các bệnh viện tuyến trên, bổ sung các thuốc cần thiết cho nhu cầu điều trị, đồng thời rà soát để loại bỏ các thuốc có chi phí điều trị lớn mà hiệu quả điều trị không rõ ràng, xây dựng danh mục thuốc phù hợp với thực tế, đáp ứng nhu cầu điều trị và khả năng chi trả của Quỹ BHYT.