Thông tư số 04/2012/TT-BNV nêu trên không quy định việc sắp xếp lại toàn bộ các thôn, tổ dân phố hiện có, theo đó tại Khoản 2, Điều 3 của Thông tư đã quy định “Không chia tách các thôn, tổ dân phố đang hoạt động ổn định để thành lập thôn mới, tổ dân phố mới”.
Việc thành lập thôn mới, tổ dân phố mới được thực hiện trong các trường hợp quy định tại Khoản 3 và Khoản 4, Điều 3 của Thông tư, trong đó tại Khoản 4, Điều 3 Thông tư quy định đối với trường hợp “Các thôn, tổ dân phố nằm trong quy hoạch giải phóng mặt bằng, quy hoạch dãn dân, tái định cư hoặc điều chỉnh địa giới hành chính được cấp có thẩm quyền phê duyệt hoặc do việc di dân đã hình thành các cụm dân cư mới ở vùng núi cao, vùng biên giới, hải đảo, vùng sâu, vùng xa, nơi có địa hình chia cắt, địa bàn rộng, giao thông đi lại khó khăn, đòi hỏi phải thành lập thôn mới, tổ dân phố mới thì điều kiện thành lập thôn mới, tổ dân phố mới có thể thấp hơn các quy định tại Điều 7 Thông tư này”.