Tại Khoản 2, Điều 8 của Thông tư liên tịch số 31/2009/TTLT-BCT-BTNMT ngày 04 tháng 11 năm 2009 về việc thanh tra, kiểm tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường có quy định:

“Trong trường hợp cần thiết, Sở Công Thương chủ trì thực hiện hoặc phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường kiểm tra việc thực hiện các quy định pháp luật về bảo vệ môi trường trong hoạt động sản xuất, kinh doanh và dịch vụ (trừ hoạt động nhập khẩu phế liệu) của các doanh nghiệp ngành công thương, cụm công nghiệp, các loại hình phân phối. Trường hợp phát hiện vi phạm, Sở Công Thương có trách nhiệm xử lý theo quy định của pháp luật”.

Điều này hoàn toàn phù hợp với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Sở Công Thương được quy định tại Thông tư liên tịch số 07/2008/TTLT-BCT-BNV ngày 28 tháng 5 năm 2008 của liên Bộ Công Thương, Bộ Nội vụ về hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của cơ quan chuyên môn về công thương thuộc Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh, cấp huyện.

Về thẩm quyền xử lý vi phạm:

- Theo quy định của Luật Xử lý vi phạm hành chính và các văn bản hướng dẫn dưới Luật, thẩm quyền xử lý vi phạm về bảo vệ môi trường thuộc chức năng của Ủy ban nhân dân các cấp, cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành bảo vệ môi trường.  

- Theo quy định của Luật Thanh tra: Thanh tra nhà nước bao gồm thanh tra hành chính và thanh tra chuyên ngành. Thanh tra chuyên ngành bảo vệ môi trường là tổ chức thuộc Bộ Tài nguyên và Môi trường và Sở Tài nguyên và Môi trường các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.

Như vậy, Sở Công Thương không có chức năng xử lý vi phạm trong lĩnh vực bảo vệ môi trường. Trong trường hợp phát hiện vi phạm của doanh nghiệp về bảo vệ môi trường thì Sở Công Thương có thể phối hợp và đề nghị cơ quan có thẩm quyền để xử lý vi phạm theo quy định.