Việc nghiên cứu, đề xuất các nội dung quy định chi tiết thi hành Luật Tài nguyên nước đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường nghiên cứu, chuẩn bị ngay từ thời điểm trình Quốc hội dự án Luật Tài nguyên nước. Ngay sau khi Quốc hội khóa XIII thông qua Luật Tài nguyên nước, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã tập trung hoàn thiện dự thảo Nghị định quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Tài nguyên nước và đã trình Chính phủ dự thảo Nghị định nêu trên (Tờ trình số 100/TTr-BTNMT ngày 25 tháng 12 năm 2012). Sau khi trình dự thảo Nghị định, Bộ Tài nguyên Môi trường cũng đã phối hợp chặt chẽ với Văn phòng Chính phủ, Bộ Tư pháp chỉnh lý, hoàn chỉnh dự thảo Nghị định. Trong quá trình thẩm tra dự thảo Nghị định, Văn phòng Chính phủ đề nghị Bộ Tài nguyên và Môi trường giải trình, làm rõ các quy định về tổ chức và hoạt động của các Ủy ban lưu vực sông được quy định trong dự thảo Nghị định.
Ngày 18 tháng 4 năm 2013, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã có Công văn số 1480/BTNMT-TNN gửi Văn phòng Chính phủ giải trình, làm rõ những vấn đề liên quan đến Ủy ban lưu sông, chi cục lưu vực sông quy định trong dự thảo Nghị định quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Tài nguyên nước. Hiện nay dự thảo Nghị định đang được hoàn tất thủ tục để lấy ý kiến thành viên Chính phủ trước khi trình Chính phủ xem xét, ký ban hành.
Để việc triển khai thực hiện Luật Tài nguyên nước đồng bộ, hiệu quả, song song với quá trình hoàn chỉnh dự thảo Nghị định nêu trên, Bộ Tài nguyên và Môi trường cũng đã tập trung xây dựng, trình Chính phủ Nghị định quy định về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực tài nguyên nước và khoáng sản; trình Thủ tướng Chính phủ dự thảo Quyết định thành lập Hội đồng quốc gia về tài nguyên nước; ban hành 04 thông tư quy định kỹ thuật lập bản đồ tài nguyên nước và kỹ thuật quan trắc tài nguyên nước. Hiện nay, Bộ Tài nguyên và Môi trường đang tiếp tục xây dựng 02 Nghị định để trình Chính phủ xem xét, ban hành và soạn thảo một số văn bản quy phạm pháp luật thuộc thẩm quyền ban hành của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường để hướng dẫn thi hành Luật Tài nguyên nước, dự kiến các văn bản này sẽ được ban hành trong năm 2014.
Để tháo gỡ khó khăn, vướng mắc cho địa phương và các tổ chức, cá nhân, doanh nghiệp xin cấp phép về tài nguyên nước trong thời gian Nghị định quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Tài nguyên nước chưa được ban hành, trên cơ sở ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Chính phủ Hoàng Trung Hải tại Công văn số 6382/VPCP-KTN ngày 02 tháng 8 năm 2013 của Văn phòng Chính phủ, ngày 13 tháng 8 năm 2013, Bộ Tài nguyên và Môi trường đã có Công văn số 3100/BTNMT-TNN gửi Uỷ ban nhân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hướng dẫn việc tiếp tục thực hiện công tác cấp, gia hạn giấy phép về tài nguyên nước theo hướng: căn cứ vào Luật Tài nguyên nước năm 2012 và các quy phạm pháp luật về tài nguyên nước hiện hành mà không trái với Luật Tài nguyên nước năm 2012, các địa phương tiếp tục thực hiện công tác cấp giấy phép về tài nguyên nước cho đến khi Nghị định quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Tài nguyên nước năm 2012 được ban hành và có hiệu lực.
Trong thời gian tới, sau khi các văn bản quy phạm pháp luật về tài nguyên nước được ban hành, Bộ Tài nguyên và Môi trường sẽ tăng cường hướng dẫn, chỉ đạo các địa phương tập trung triển khai thực hiện để đưa Luật Tài nguyên nước vào cuộc sống và tăng cường hiệu lực, hiệu quả quản lý, bảo vệ tài nguyên nước.