Căn cứ nội dung Quyết định số 14/2012/QĐ-TTg ngày 01 tháng 3 năm 2012 của Thủ tướng Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Quyết định 139/2002/QĐ-TTg ngày 15 tháng 10 năm 2002 của Thủ tướng Chính phủ về khám, chữa bệnh cho người nghèo, trong đó Thủ tướng Chính phủ có giao Bộ Y tế chủ trì, phối hợp với Bộ Tài chính hướng dẫn tổ chức thực hiện Quyết định này. Trên cơ sở nội dung Quyết định số 14/2012/QĐ-TTg, Bộ Y tế và Bộ Tài chính đã dự thảo Thông tư Liên tịch hướng dẫn về thành lập Quỹ, cơ chế quản lý Quỹ để Ủy ban nhân dân các tỉnh, Ban Quản lý Quỹ khám, chữa bệnh người nghèo chỉ đạo các Sở, Ban, Ngành và các cơ sở y tế tổ chức thực hiện.

Dự thảo Thông tư Liên tịch đã được gửi đi xin ý kiến của một số Ủy ban nhân dân tỉnh và đến nay đã được hoàn thiện, thống nhất với các nội dung được hướng dẫn cơ bản sau:

(1) Nguồn ngân sách nhà nước hỗ trợ Quỹ khám, chữa bệnh cho người  nghèo được cân đối trong dự toán ngân sách hàng năm của địa phương. Việc lập, tổng hợp, phân bổ và  giao dự toán, quản lý, sử dụng, thanh quyết toán kinh phí thực hiện hỗ trợ khám, chữa bệnh cho người nghèo theo các quy định của Luật Ngân sách Nhà nước, các văn bản hướng dẫn Luật và các quy định hiện hành khác có liên quan.

Riêng năm 2013, các địa phương chủ động bố trí kinh phí do ngân sách nhà nước hỗ trợ khám chữa bệnh cho người nghèo và kinh phí quản lý hành chính của Quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo trong dự toán chi ngân sách nhà nước  đã được giao. Trường hợp có khó khăn về kinh phí, các địa phương có văn bản báo cáo gửi về Bộ Tài chính để tổng hợp trình cấp có thẩm quyền xem xét, xử lý theo quy định.

(2) Hàng năm, căn cứ số lượng đối tượng thụ hưởng và tình hình khám, chữa bệnh cho người nghèo năm trước liền kề, Sở Y tế có trách nhiệm lập dự trù kinh phí hỗ trợ khám, chữa bệnh cho người nghèo và kinh phí quản lý hành chính của Quỹ khám, chữa bệnh cho người nghèo trong dự toán chi sự nghiệp y tế của Sở Y tế gửi Sở Tài chính thẩm định trình Chủ tịch UBND cấp tỉnh xem xét để trình Hội đồng nhân dân cấp tỉnh phê duyệt.

(3) Việc hạch toán kinh phí thực hiện hỗ trợ khám, chữa bệnh cho người nghèo theo mục lục ngân sách Nhà nước hiện hành. Các cơ quan, đơn vị sử dụng kinh phí thực hiện hỗ trợ khám, chữa bệnh cho người nghèo phải mở sổ kế toán để hạch toán và quyết toán theo đúng quy định của chế độ kế toán hành chính sự nghiệp hiện hành.

(4) Đối với nguồn viện trợ của các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước cho Quỹ, các cơ quan, đơn vị sử dụng kinh phí thực hiện theo dõi, hạch toán và quyết toán theo các quy định hiện hành của Nhà nước về việc tiếp nhận, quản lý, sử dụng các nguồn viện trợ và quy định của nhà tài trợ.