Đối với khu kinh tế, theo quy định của Luật thuế TNDN hiện hành thì khu kinh tế là địa bàn được ưu đãi thuế TNDN. Tại điểm a khoản 1 Điều 15 và điểm a khoản 1 Điều 16 Nghị định số 124/2008/NĐ-CP ngày 11/12/2008 của Chính phủ cũng đã quy định cụ thể về chính sách ưu đãi thuế đối với khu kinh tế như sau:

- “1. Thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn 15 năm áp dụng đối với:

a) Doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này, khu kinh tế, khu công nghệ cao được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ;”

- “1. Miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo đối với:

a) Doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư quy định tại khoản 1 Điều 15 Nghị định này;”.

- Đối với khu công nghiệp, trước ngày 01/01/2009, theo quy định của Luật thuế TNDN số 09/2003/QH11 thì dự án đầu tư thành lập cơ sở kinh doanh mới thuộc địa bàn khu công nghiệp được áp dụng chính sách ưu đãi thuế TNDN theo mức áp dụng đối với địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn: thuế suất ưu đãi 20% trong thời gian 10 năm, miễn thuế 02 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 06 năm tiếp theo.

Kể từ ngày 01/01/2009, Luật thuế TNDN số 14/2008/QH12 không có quy định về ưu đãi thuế TNDN đối với khu công nghiệp; trường hợp khu công nghiệp nếu thuộc địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội đặc biệt khó khăn hay địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn thì hưởng ưu đãi thuế tương ứng theo địa bàn.

Thực tế quá trình thực hiện và ý kiến, đề xuất của các Bộ, ngành, địa phương cho thấy cần thiết phải có chính sách ưu đãi thuế TNDN có chọn lọc  để khuyến khích, thu hút doanh nghiệp đầu tư vào khu công nghiệp, tạo thuận lợi cho chiến lược phát triển khu công nghiệp cũng như công tác quản lý về môi trường, lao động, an ninh, trật tự…nhưng cần có cân đối để không làm triệt tiêu định hướng thu hút đầu tư vào các địa bàn có điều kiện kinh tế xã hội khó khăn và đặc biệt khó khăn.

Do đó, Chính phủ đã trình Quốc hội khoá 13 tại kỳ họp thứ 5 (tháng 5/2013) thông qua Luật số 32/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TNDN và có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01/01/2014, trong đó đã có quy định về ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới tại khu công nghiệp (trừ khu công nghiệp nằm trên địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội thuận lợi) như sau: được miễn thuế TNDN trong 02 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 04 năm tiếp theo.

Căn cứ quy định của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp nêu trên, Bộ Tài chính đang nghiên cứu để trình Chính phủ ban hành Nghị định hướng dẫn cho phù hợp.