Nhằm giải quyết triệt để vấn đề ô nhiễm môi trường tại các lưu vực sông, Thủ tướng Chính phủ đã phê duyệt 03 Đề án bảo vệ môi trường lưu vực sông: sông Cầu, sông Nhuệ - sông Đáy và hệ thống sông Đồng Nai. Bộ Tài nguyên và Môi trường đã chủ trì, phối hợp với Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương trên các lưu vực sông chỉ đạo, đôn đốc và tổ chức thực hiện các Đề án này. Bộ Tài nguyên và Môi trường đã xây dựng và trình Thủ tướng Chính phủ thành lập 03 Ủy ban bảo vệ môi trường lưu vực sông, gọi tắt là Ủy ban sông Cầu, Ủy ban sông Nhuệ - sông Đáy và Ủy ban sông Đồng Nai. Các Ủy ban này đã hoạt động, thực hiện chức năng chỉ đạo, điều phối đã được quy định thông qua các Phiên họp toàn thể. Để giúp việc cho các Ủy ban, Bộ Tài nguyên và Môi trường cũng đã quyết định thành lập Văn phòng Ủy ban Bảo vệ môi trường lưu vực sông đặt tại Tổng cục Môi trường.
Hàng năm, Bộ Tài nguyên và Môi trường, với tư cách là cơ quan được Thủ tướng Chính phủ giao đầu mối chủ trì việc thực hiện Đề án tổng thể sông Nhuệ - sông Đáy đã chủ trì làm việc với các địa phương và Bộ, ngành nỗ lực đưa ra các giải pháp, kế hoạch triển khai Đề án. Các địa phương trong lưu vực đã ý thức được trách nhiệm của mình và đã đề xuất Kế hoạch triển khai Đề án sông Nhuệ - sông Đáy cho địa phương mình. Các Bộ, ngành cũng đã có những nhiệm vụ, dự án triển khai trên sông Nhuệ - sông Đáy. Để giảm thiểu ô nhiễm môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy và thực hiện các nội dung của Đề án, Bộ Tài nguyên và Môi trường và các tỉnh, thành phố trên lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy đã đẩy mạnh hoạt động tuyên truyền nâng cao nhận thức bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, đưa công tác bảo vệ môi trường tới cấp cơ sở; đã tăng cường công tác kiểm tra, thanh tra việc thực hiện các quy định của pháp luật về bảo vệ môi trường trên lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, kiên quyết xử lý vi phạm đối với các hành vi vi phạm; đã cơ bản hoàn thành việc xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng theo Quyết định số 64/2003/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, quan trắc giám sát thường xuyên chất lượng nước sông, tăng cường hợp tác quốc tế hỗ trợ xử lý ô nhiễm và cải thiện môi trường lưu vực sông. Định kỳ hàng năm, Bộ Tài nguyên và Môi trường đều có văn bản báo cáo Thủ tướng Chính phủ về tình hình triển khai Đề án bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy.
Trong thời gian tới, Bộ Tài nguyên và Môi trường tiếp tục tập trung chỉ đạo quyết liệt nhằm khắc phục và ngăn chặn có hiệu quả ô nhiễm môi trường nước các lưu vực sông nói chung và lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy nói riêng, cụ thể như sau:
- Cập nhật thống kê, quản lý và kiểm soát chặt chẽ các nguồn thải trên lưu vực sông; khẩn trương xây dựng và tiến hành thực hiện các dự án đầu tư thu gom xử lý nước thải của các đô thị, khu công nghiệp, làng nghề, chất thải nông thôn, chương trình khắc phục ô nhiễm môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy;
- Tăng cường mạnh mẽ việc thanh tra, kiểm tra, xử lý nghiêm minh các cơ sở sản xuất kinh doanh vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường trên lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy;
- Xây dựng quy hoạch bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy; đánh giá ngưỡng chịu tải; quan trắc định kỳ, xây dựng cơ sở dữ liệu quan trắc môi trường nước...
- Xây dựng cơ chế tài chính đặc thù cho công tác bảo vệ môi trường lưu vực sông, đưa nội dung triển khai Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy vào Chương trình mục tiêu quốc gia về khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường đã được Quốc hội khóa XIII thông qua.
Bộ Tài nguyên và Môi trường sẽ tiếp tục phối hợp với Ủy ban Bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, các Bộ và Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trên lưu vực tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra về bảo vệ môi trường trên lưu vực; triển khai thực hiện Chương trình mục tiêu Quốc gia về khắc phục ô nhiễm và cải thiện môi trường trong năm 2013 trên lưu vực sông Nhuệ - sông Đáy, cụ thể: đẩy nhanh tiến độ triển khai xử lý ô nhiễm làng nghề tại tỉnh Hà Nam (Làng nghề dệt nhuộm Nha Xá), xử lý ô nhiễm hóa chất bảo vệ thực vật tại Nam Định; phối hợp với Ủy ban nhân dân thành phố Hà Nội tiếp tục triển khai dự án xử lý nước thải Cầu Ngà và dự án xử lý nước thải sinh hoạt xã Xuân Phương.