Việc đầu tư từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ được Quốc hội và Uỷ ban Thường vụ Quốc hội thông qua bắt đầu từ năm 2003 để xây dựng một số công trình giao thông, thuỷ lợi quan trọng của đất nước và dự án tái định cư thuỷ điện Na Hang. Tính đến 2010, đối tượng sử dụng trái phiếu Chính phủ được mở rộng để đầu tư đường tuần tra biên giới, thuỷ lợi miền núi, đường giao thông đến các trung tâm xã chưa có đường giao thông ô tô, xây dựng, nâng cấp bệnh viện tuyến huyện, các bệnh viện chuyên khoa lao, tâm thần, ung bướu, chuyên khoa nhi và một số bệnh viện đa khoa tỉnh, ký túc xá sinh viên, kiên cố hoá trường lớp học và nhà công vụ cho giáo viên.

Do số dự án sử dụng vốn trái phiếu Chính phủ tăng quá nhiều, đồng thời các bộ, ngành và địa phương điều chỉnh tổng mức đầu tư tăng quá nhanh, khả năng nguồn vốn trái phiếu Chính phủ không thể phát hành để hoàn thành tất cả các công trình, dự án. Nên từ năm 2010 danh mục từng dự án sử dụng nguồn vốn trái phiếu Chính phủ được Quốc hội và Ủy ban thường vụ Quốc hội thông qua tại Nghị quyết số 881/2010/UBTVQH12 và các Nghị quyết bổ sung của Quốc hội và Ủy ban thường vụ Quốc hội.

Căn cứ các Nghị quyết của Quốc hội và Ủy ban thường vụ Quốc hội, từ năm 2012 Thủ tướng Chính phủ đã giao kế hoạch vốn trái phiếu Chính phủ trung hạn cho cả giai đoạn 2012-2015. Hàng năm, kế hoạch đầu tư từ nguồn vốn trái phiếu Chính phủ được xây dựng theo nguyên tắc, tiêu chí được Quốc hội, Ủy ban thường vụ Quốc hội quy định và căn cứ kế hoạch trung hạn đã được giao.

Về thời hạn thanh toán: Thời hạn thanh toán và mức vốn thanh toán được thực hiện theo các Nghị quyết của Quốc hội, Ủy ban thường vụ Quốc hội và các Quyết định giao kế hoạch của Thủ tướng Chính phủ. Năm 2012 Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 1790/QĐ-TTg ngày 29 tháng 11 năm 2012 về thanh toán vốn trái phiếu Chính phủ giai đoạn 2012-2015 trong đó quy định rõ những nội dung được thanh toán hoặc không được thanh toán vốn trái phiếu Chính phủ.