Nguồn vốn đầu tư thực hiện dự án xây dựng trường Đại học Tây Bắc được cân đối chung trong nguồn vốn của Bộ Giáo dục và Đào tạo. Do nhu cầu của các dự án giáo dục và đào tạo rất lớn, trong khi nguồn ngân sách nhà nước có hạn, vì vậy, nguồn vốn ngân sách Trung ương ưu tiên tập trung thực hiện các hạng mục trực tiếp phục vụ cho hoạt động đào tạo.
Trước mắt, đề nghị UBND tỉnh Sơn La chủ động huy động nguồn vốn ngân sách địa phương, nguồn vốn các chương trình hỗ trợ có mục tiêu trên địa bàn để thực hiện dự án xây dựng trường Đại học Tây Bắc. Bộ Kế hoạch và Đầu tư sẽ phối hợp với Bộ Giáo dục và Đào tạo xem xét đề nghị của tỉnh Sơn La và xem xét hỗ trợ trong khả năng cân đối chung của ngân sách.