Tuy nhiên, vấn đề hợp tác xã có được thành lập công ty, góp vốn, mua cổ phần hay không, vẫn còn nhiều ý kiến khác nhau.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội nhìn nhận Luật Hợp tác xã năm 2003 mặc dù về cơ bản đã thể chế hóa và phù hợp với các yêu cầu, quan điểm phát triển kinh tế tập thể theo Nghị quyết Trung ương 5 (khóa IX) nhưng vẫn còn một số hạn chế về tính chất phục vụ xã viên, các quy định về chính sách ưu đãi, hỗ trợ, quản lý nhà nước, thanh tra, giám sát, xử lý vi phạm pháp luật còn thiếu, công tác quản lý nhà nước đối với mô hình này còn nhiều bất cập, hệ thống quản lý nhà nước chưa xác định rõ và tổ chức thống nhất với một đầu mối...
Chủ nhiệm Ủy ban Pháp luật Nguyễn Văn Thuận cho rằng cả một thời kỳ dài, hợp tác xã không phát triển được là do nhận thức của xã hội vì những ám ảnh của thời kỳ bao cấp mấy chục năm để lại, xem hợp tác xã là cái gì đó yếu thế, nhỏ bé.
Đa số các ý kiến thống nhất với quan điểm bản chất của hợp tác xã là phục vụ xã viên trên nền tảng hợp tác.
Chủ nhiệm Ủy ban Tài chính, Ngân sách Phùng Quốc Hiển khẳng định xây dựng Luật này rất khó vì Việt Nam có rất nhiều loại hình hợp tác xã. Để xây dựng được một Luật chung mà bao quát được, thể hiện được đường lối quan điểm của Đảng và những điều cốt tử với mọi loại hình, cần thảo luận kỹ lưỡng kể cả những vấn đề có tính chất định hướng, quan điểm.
Chủ nhiệm Văn phòng Quốc hội Trần Đình Đàn băn khoăn trong quan hệ sở hữu, thành viên hợp tác xã vừa là chủ sở hữu, vừa là khách hàng. Các điều 5, 8, 9, 10 của dự thảo Luật luôn khẳng định quyền độc lập, tự chủ, tự chịu trách nhiệm của hợp tác xã.
Đi vào cụ thể, nếu chúng ta không công nhận hợp tác xã như một loại hình doanh nghiệp thì có thể cắt đi quyền thành lập công ty, góp vốn, mua cổ phần nhưng khi đã công nhận hợp tác xã hoạt động như một loại hình doanh nghiệp thì việc cắt bỏ các quyền này là làm mất quyền tự chủ của hợp tác xã. Do vậy, cần phải xem xét tính toán kỹ nội dung này.
Ông Nguyễn Văn Thuận và bà Lê Thị Thu Ba, Chủ nhiệm Ủy ban Tư pháp của Quốc hội cho rằng nếu quy định hợp tác xã là đơn vị kinh tế có tư cách pháp nhân thì phải được quyền mua cổ phần, góp vốn với các đơn vị khác để đem lại quyền lợi cho xã viên, không thể vì mang danh hợp tác xã mà lại bó hẹp nó, khiến nó không thể phát triển được. Đã là kinh tế thị trường thì tất cả những người có tiền đều được góp vốn.
Ngược lại, Phó Chủ tịch Quốc hội Uông Chu Lưu thống nhất với ý kiến của Chính phủ, cho rằng nếu cho phép hợp tác xã thành lập công ty, góp vốn, mua cổ phần của doanh nghiệp khác có thể làm hợp tác xã dần xa rời bản chất và mục đích hoạt động là để phục vụ các thành viên trên cơ sở tài sản chung không chia; đồng thời tăng thêm rủi ro cho hoạt động của hợp tác xã. Không nên cho phép hợp tác xã thành lập công ty, góp vốn, mua cổ phần của doanh nghiệp khác để khuyến khích phát triển hợp tác xã mang bản chất đích thực, phát triển lành mạnh hơn, vững chắc hơn, tránh được các rủi ro.
Kết luận nội dung này, Phó Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Đức Kiên nhấn mạnh khi Quốc hội đặt cho hợp tác xã địa vị pháp lý là tổ chức kinh tế tập thể hoạt động như doanh nghiệp nhưng không có nghĩa như doanh nghiệp hoàn toàn. hợp tác xã có những mô hình và phương thức hoạt động khác nhau, tùy theo từng lĩnh vực cụ thể. Do vậy, cần tiếp tục nghiên cứu, suy nghĩ sâu hơn nữa. Có thể thiết kế một quy định nguyên tắc chung cho mọi loại hình hợp tác xã và những quy định cho từng loại hình đặc thù.
Nếu áp dụng tất cả các chính sách để hỗ trợ hợp tác xã phát triển thì không đủ lực, do đó, phải hình dung được những nhóm chính sách hỗ trợ của nhà nước để gắn với từng loại hình hợp tác xã ở từng vùng miền cho phù hợp, lĩnh vực nào hỗ trợ vốn, lĩnh vực nào hỗ trợ cơ chế, đào tạo đội ngũ quản lý.../.