Năm học 2008-2009, giáo dục đại học nước ta tiếp tục triển khai nhiều chương trình, đề án để thực hiện tiến trình đổi mới sâu sắc và toàn diện trong toàn hệ thống, từ cơ chế chính sách, nội dung, hình thức và phương pháp thực hiện. Trong đó, giáo dục đại học tập trung đẩy mạnh việc áp dụng các chương trình đào tạo của các trường đại học tiên tiến trong khu vực và thế giới; nghiên cứu xây dựng bốn trường đại học theo tiêu chuẩn quốc tế bằng vốn vay của Ngân hàng Thế giới và Ngân hàng Phát triển châu Á. Thực hiện chương trình đào tạo tiến sĩ cho giảng viên các trường đại học, cao đẳng đến năm 2020 và bồi dưỡng hiệu trưởng các trường đại học, cao đẳng. Tập trung đào tạo nhân lực theo nhu cầu xã hội và đổi mới phương thức triển khai hoạt động khoa học-công nghệ, cũng như đổi mới cơ chế tài chính trong giáo dục đại học... Tuy nhiên, năm học vừa qua, giáo dục đại học, cao đẳng nước ta vẫn còn một số hạn chế, yếu kém, như chất lượng đào tạo nguồn nhân lực chưa theo kịp yêu cầu đổi mới và hội nhập; triển khai các cuộc vận động còn chậm, chưa quyết liệt; các trường thành lập mới hoặc nâng cấp chưa thực hiện đúng cam kết, ảnh hưởng đến điều kiện bảo đảm chất lượng đào tạo; công tác chỉ đạo, điều hành ở một số trường còn lúng túng, bị động...
Năm học 2009-2010, Bộ GD và ÐT xác định là năm học "Ðổi mới quản lý, nâng cao chất lượng và đẩy mạnh đào tạo theo nhu cầu xã hội" với 12 nhiệm vụ trọng tâm. Trong đó, việc đổi mới quản lý giáo dục đại học phải bảo đảm năm yêu cầu: Các nhà trường rà soát lại quy chế hoạt động, đánh giá mức độ tự chủ và tự chịu trách nhiệm; Bộ GD và ÐT rà soát và thiết kế lại sự phân công, phân cấp và phối hợp trách nhiệm với các bộ, ngành liên quan; phổ biến kịp thời các điển hình quản lý tốt của các trường đại học, cao đẳng; liên kết, phát huy các nguồn lực, sáng kiến của các cơ sở đào tạo trong nước thành nguồn lực, sáng kiến của toàn ngành; đổi mới thực hiện đồng thời ở cả cấp bộ, tỉnh, thành phố và các trường đại học, cao đẳng.
Phát biểu ý kiến tại hội nghị, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng biểu dương những kết quả trong giáo dục đại học cao đẳng năm học vừa qua. Thủ tướng yêu cầu các trường đại học, cao đẳng cần tập trung vào mục tiêu cơ bản là nâng cao chất lượng. Cần đánh giá đúng những điểm mạnh để khẳng định, phát huy, đồng thời phải chỉ ra những hạn chế, yếu kém, nhất là những nguyên nhân yếu kém về quản lý, cơ chế chính sách... để khắc phục. Từ đó, đề ra những giải pháp phù hợp thực tế nhằm đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, đáp ứng yêu cầu CNH, HÐH và hội nhập của đất nước. Việc đổi mới trước hết cần tập trung vào hệ thống văn bản pháp quy sao cho hoàn chỉnh, phù hợp; tháo gỡ những khó khăn, vướng mắc và có những quy chế thích hợp nhằm tạo cơ sở pháp lý cho các trường hoạt động hiệu quả. Bộ GD và ÐT cần xây dựng chiến lược, quy hoạch, kế hoạch và cơ chế cho phát triển để huy động cao nhất mọi nguồn lực. Cần phân cấp rõ, tạo thuận lợi nhưng cũng làm rõ trách nhiệm của các trường đại học, cao đẳng. Ðáng chú ý, trong hơn 20 năm qua, số trường và số học sinh, sinh viên tăng lên nhiều lần nhưng số giảng viên các trường lại tăng rất ít, cho nên cần tập trung xây dựng kế hoạch trước mắt và lâu dài cho việc đào tạo đội ngũ nhà giáo các trường đại học, cao đẳng. Ngoài việc xây dựng mới bốn trường đại học theo chuẩn quốc tế, cần nâng cao chất lượng các trường có truyền thống phát triển ngang tầm quốc tế. Thủ tướng còn yêu cầu các trường không chỉ giáo dục kiến thức khoa học mà cần đẩy mạnh giáo dục nhân cách, đạo đức, lối sống và truyền thống, lòng tự tôn dân tộc... cho sinh viên nhằm tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, phát triển toàn diện.