Từ năm 2010, Bộ Y tế đã có văn bản gửi Thủ tướng Chính phủ xin chủ trương và xin ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ để Bộ Y tế xây dựng Nghị định về chế độ phụ cấp thâm niên đối với cán bộ y tế; tuy nhiên, tại Thông báo số 229/TB-VPCP ngày 26/8/2010 của Văn phòng Chính phủ Thông báo Kết luận của Phó Thủ tướng Thường trực Chính phủ Nguyễn Sinh Hùng tại cuộc họp Ban Chỉ đạo nghiên cứu và thực hiện cải cách chính sách tiền lương Nhà nước, có kết luận: “Về phụ cấp thâm niên nghề, trước mắt chỉ bổ sung áp dụng đối với ngành giáo dục, chưa mở rộng áp dụng đối với cán bộ, công chức, viên chức các ngành còn lại” và đề nghị Bộ Y tế chưa báo cáo Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về chủ trương xây dựng Nghị định của Chính phủ về chế độ phụ cấp thâm niên nghề đối với người lao động ngành Y tế.
Hiện nay, Bộ Y tế đã và đang tiếp tục đề nghị Chính phủ giải quyết cho công chức, viên chức ngành y tế được hưởng chế độ phụ cấp thâm niên nghề theo kết luận số 43-KL/TW ngày 01/4/2009 của Bộ Chính trị về 3 năm thực hiện Nghị quyết 46-NQ/TW ngày 23/02/2005 của Bộ Chính trị (khóa IX). Đồng thời khi đánh giá chế độ tiền lương hiện hành, Bộ Y tế cũng đã có kiến nghị về việc xếp lương khởi điểm đối với bác sỹ, nhằm đảm bảo cân đối với thời gian đào tạo.