- Không có sự thống nhất trong chính sách ưu đãi đầu tư giữa Luật Đầu tư năm 2005; Nghị định 29/2008/NĐ-CP và Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2008. Theo Luật Đầu tư năm 2005 và Nghị định 29/2008/NĐ-CP thì việc ưu đãi cho nhà đầu tư được áp dụng đối với dự án đầu tư (kể cả dự án đầu tư mở rộng) thuộc danh mục lĩnh vực và địa bàn ưu đãi đầu tư (Khu kinh tế thuộc danh mục địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn), không quy định rõ về pháp nhân của doanh nghiệp. Tuy nhiên, Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp năm 2008 lại chỉ cho phép ưu đãi đối với doanh nghiệp thành lập pháp nhân mới từ dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
- Theo quy định tại Nghị định 29/2008/NĐ-CP, Ban Quản lý khu kinh tế là cơ quan có thẩm quyền cấp, điều chỉnh, thu hồi Giấy chứng nhận đầu tư, Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.... của các tổ chức, cá nhân trong khu công nghiệp, khu kinh tế. Tuy nhiên, từ khi Nghị định số 43/2010/NĐ-CP ngày 15/4/2010 của Chính phủ ra đời thì cơ quan cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh gồm: Sở Kế hoạch và Đầu tư và Phòng Đăng ký kinh doanh cấp huyện. Như vậy, Ban Quản lý khu kinh tế không có chức năng cấp Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, dẫn đến trên địa bàn khu kinh tế tồn tại Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh do hai cơ quan cấp và sẽ có hai cơ quan thực hiện công tác hậu kiểm và quản lý hoạt động của doanh nghiệp trên địa bàn khu kinh tế, gây ra chồng chéo và khó khăn cho hoạt động của doanh nghiệp.
Vì vậy, để khắc phục các chồng chéo, vướng mắc giữa các văn bản dưới luật có liên quan đến khu kinh tế; cử tri đề nghị Chính phủ sớm trình Quốc hội ban hành Luật về xây dựng và phát triển các khu kinh tế ven biển thay thế Nghị định 29. Trước mắt kính đề nghị Chính phủ chỉ đạo các Bộ, ngành Trung ương khi ban hành các văn bản pháp luật cần nêu rõ “với các Khu kinh tế được Thủ tướng Chính phủ thành lập thì thực hiện theo Nghị định 29/2008/NĐ-CP ngày 14/3/2008 của Chính phủ quy định về khu công nghiệp, khu chế xuất và khu kinh tế”.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư và Bộ Tài chính đã phối hợp chặt chẽ để trình Quốc hội thông qua Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 32/2013/QH13, có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2014. Theo đó đã giải quyết được cơ bản các xung đột giữa Luật Đầu tư và Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp. Cụ thể ưu đãi đã được xác định theo dự án thay vì theo pháp nhân mới thành lập như trước đây, bổ sung ưu đãi đối với Khu công nghiệp tại các địa bàn kém thuận lợi; dự án đầu tư mở rộng; dự án quy mô lớn.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư đã trình Chính phủ dự thảo Nghị định sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 29/2008/NĐ-CP ngày 14 tháng 3 năm 2008 của Chính phủ về Khu công nghiệp(KCN), Khu chế xuất (KCX), Khu kinh tế (KKT) để khắc phục những chồng chéo về chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan quản lý nhà nước về KCN trên một số lĩnh lĩnh vực như: thanh tra, lao động, môi trường, tư pháp, xây dựng theo hướng tiếp tục phân cấp, ủy quyền cho Ban quản lý KCN, KKT thực hiện cơ chế “một cửa, tại chỗ” trên các lĩnh vực như quy định tại Nghị định 29/2008/NĐ-CP hiện hành.
Hiện nay, Luật đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt đã được bổ sung vào Chương trình xây dựng luật, pháp lệnh nhiệm kỳ Quốc hội khoá XIII tại Nghị quyết 45/2013/QH13 ngày 18 tháng 6 năm 2013 của Quốc hội điều chỉnh chương trình xây dựng luật, pháp lệnh nhiệm kỳ Quốc hội khoá XIII, năm 2013 và chương trình xây dựng luật, pháp lệnh năm 2014. Bộ Kế hoạch và Đầu tư ghi nhận ý kiến đề xuất và sẽ tham mưu cho Chính phủ khi trình Quốc hội Luật đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt.